Европейские колонизаторы воспользовались традицией беспрекословного подчинения деспотической власти. Как Кортес, так и Писсаро стремились пленить и заставить себе служить верховных правителей империй ацтеков и инков – Монтесуму II и Атауальпу, которые единолично принимали политические решения. Таким образом, возможности сопротивления правящей верхушки значительно ограничивались. Испанцы учли и недовольство племен, покоренных инками и ацтеками незадолго до европейского завоевания. Умело нагнетая междоусобные конфликты, Писсаро невероятно быстро и с минимальными потерями выполнил задачу захвата власти и создания новой колониальной провинции – вице-королевства Перу. С его территории вдоль тихоокеанского побережья в 1535–1540 гг. отправлялись на дальнейшие завоевания экспедиции Диего де Альмагро и Педро де Вальдивия. В 1536–1538 гг. в поисках легендарных золотых кладов экспедицией Гонсало Хименеса де Кесада была установлена власть над высокоразвитыми племенами индейцев чибча-муисков. Продвижение испанцев было надолго задержано лишь сопротивлением индейцев-арауканов на юге современного Чили.
Создание на землях ацтеков вице-королевств означало установление режима нещадной колониальной эксплуатации и сопровождалось катастрофическим уменьшением численности индейского населения. Если в 1519 г. только на территории Мексики было около 25 млн индейцев, то к началу XVII в. их число уменьшилось до одного с небольшим миллиона человек. Истребление значительной части автохтонного населения имело следствием привоз из Африки негров и использование их в качестве рабов в хозяйственно-экономической жизни колоний. Одним из немногих, кто поднял свой голос в защиту индейского населения Латинской Америки, был выдающийся испанский писатель-гуманист, описавший историю открытия и завоевания Америки, священник Бартоломе де Лас Касас. Однако попытки Лас Касаса защитить индейцев оказались безуспешными.
Наиболее важным итогом столь быстро и успешно осуществленной конкисты испанские монархи считали овладение богатыми источниками драгоценных металлов, большая часть которых оказалась в метрополии. В целях увеличения потока драгоценностей из Америки испанская королевская чета Фердинанд и Изабелла разрешила переселяться в Новый Свет всем испанским подданным, принявшим обязательство две трети всего добытого ими золота вносить в испанскую казну. На сходных условиях короли разрешали организовывать новые экспедиции и помогали их оснащать.
В условиях военной обстановки формировались основы колониальной системы, которая была полностью направлена на удовлетворение потребностей метрополии без учета задач внутреннего развития покоренных территорий. Система принимала формы примитивного ограбления покоренных стран и народов. Происходило фактическое порабощение местного населения и раздел колониальных земель вместе с жившими на них индейцами между крупными собственниками. Эта система получила название репартимьенто (исп. repartimiento – «распределение»).
Следующий этап экономического освоения американских территорий начался в 40-е годы XVI в. Он характеризовался, с одной стороны, формированием аппарата колониальной администрации. Уже в первой половине XVI в. испанской короной было создано два вице-королевства: Новая Испания (Мексика, Центральная Америка, Венесуэла, Карибские острова) и Перу (остальные части покоренной Южной Америки). Ряд областей в их составе располагали фактической автономией и управлялись генерал-капитанами (Санто-Доминго, Гватемала и др.). Главы всех административных единиц представляли испанского короля и назначались исключительно из испанской знати. С другой стороны упорядочивалась экономическая жизнь в целях извлечения максимальной прибыли от эксплуатации местного населения и природных ресурсов.
Поощрялось сельскохозяйственное освоение земель. Земля и недра оставались собственностью монархов метрополии, которые признавали неотчуждаемыми только майораты, земли общинников, церкви и монастырей. Крупные собственники земли – латифундисты – пользовались большим влиянием в колониальном обществе. Повсюду, на пригодных для обработки землях создавалось плантационное хозяйство, основанное на принудительном труде завезенных из Африки рабов, каторжников из Европы, а также индейцев-общинников.