В основе созданной в колониях Испании иерархической системы оказалась политика консервации индейской общины. Организовать в кратчайшие сроки более или менее эффективный аппарат колониального управления в районах, где уже существовали раннеклассовые общества, можно было, адаптировав к своим потребностям отлаженный на протяжении веков и привычный для населения механизм осуществления господства правящей элиты. Испанская монархия и католическая церковь воспользовались традициями деспотической власти инкской и месоамериканских цивилизаций, объявив, что верховная власть над подданными индейских империй переходит от прежних правителей к испанскому королю, который возглавляет властную пирамиду в обществе. Симбиоз испанского феодализма с общинным строем индейцев привел к созданию экономической системы, склонной к стагнации. Общинная организация труда облегчала внеэкономическое принуждение индейцев.
На обширных плантациях производилась преимущественно продукция для экспортной торговли. Система репартимиенто не отвечала новым задачам и постепенно была вытеснена системой энкомьенды (исп. encomienda – «попечительство», «защита», «покровительство»). Индейцы, номинально считавшиеся свободными, объявлялись собственностью испанского короля, который передавал их на попечение (энкомьенду) отличившимся конкистадорам – энкомендеро. Закабаление индейцев было произведено методами, которые успешно применялись в самой Испании периода Реконкисты (IX–XIV вв.) Энкомьенда тогда предусматривала передачу поселений «под защиту» военно-религиозных орденов или лиц, облеченных властью, которые после принятия на себя обязательств, становились «энкомендеро».
Устаревший феодальный институт энкомьенды оказался вполне уместен в Испанской Америке. Фактически закрепощенные индейцы должны были выплачивать налог в пользу своего энкомендеро, оказывать ему «личные услуги» в качестве домашней челяди, выполнять трудовые повинности на его землях, рудниках, мануфактурах. Оформление энкомьенды стало отправным пунктом формирования крупной земельной собственности в Латинской Америке. Королевская власть, передавая контроль над индейскими поселениями частным лицам, решала сразу несколько задач. Главным было то, что конкистадоры превращались в легитимных феодальных сеньоров, которые получали в свое распоряжение рабочие руки. Рост их социального статуса позволял упорядочить взаимоотношения с королевской властью, и регулярно отправлять в казну четвертую часть поборов с индейцев-общинников. Общинная верхушка – касики – служила удобным буфером между рядовыми общинниками и колонизаторами.
Беспощадная эксплуатация индейцев сопровождалась приобщением их к христианским обычаям, что также возлагалось на энкомендеро. По мнению ряда исследователей, энкомьенда являлась одновременно и формой социально-экономической эксплуатации, и средством превращения местного населения в смиренных христиан, безропотно принимавших свое новое положение. Не следует преуменьшать и военного значения энкомьенды. В условиях, когда отправка профессиональных армейских подразделений в американские колонии была дорогостоящей и затруднительной операцией, военные отряды, организованные из индейцев, обученных и снаряженных отдельными энкомендеро, стоявшими во главе и отвечавшими за боевой дух своих солдат, были важным элементом поддержания порядка. Отряды использовались для проведения карательных экспедиций, в том числе подавления индейских восстаний в соседних районах. Такого рода военная служба была обязательной для индейских мужчин повинностью. После выполнения задания ополченцы возвращались к мирному труду.
С появлением новых собственников, не обладавших энкомьендой и вынужденных арендовать общинников для работы при расширении посевных площадей, строительстве новых шахт и предприятий, потребовалось принятие «Новых законов». Количество энкомьенд и полномочия их обладателей сокращались посредством возвращения многих общинников под патронаж королевской власти. Колониальная администрация сама стала привлекать индейцев-общинников на принудительные общественные работы, проводимые по типу существовавшей у инков с доколумбовых времен трудовой повинности (мита) или мексиканской традиции (куатекиль), но с оплатой труда индейцев через общинные кассы. На основе обычая инков – митмака, колониальные власти практиковали также насильственное переселение общинников в другие районы в соответствии с потребностями государства. Местами отработок часто становились отдаленные рудники.
Задача вывоза из американских колоний драгоценных металлов не теряла важности на протяжении последующих столетий. Некоторые из знаменитых серебряных рудников Мексики не исчерпаны до наших дней. В Перу, на территории современной Боливии, была разведана серебряная гора Сьерра-Рико-де-Потоси, где к концу XVI в. добывалось серебра больше, чем во всей Западной Европе (в XVI–XVII вв. эта местность считалась наиболее богатым месторождением серебра в мире).