В поисках наиболее слабых мест обороны противника Боливар направил свою Освободительную армию через Анды в Новую Гранаду. Богота была взята, а затем и значительная часть вице-королевства вышла из под контроля колонизаторов. Боливара назвали Освободителем Новой Гранады. По предложению Боливара ангостурский конгресс объединил Венесуэлу и Новую Гранаду в Федеративную республику Великая Колумбия, приняв ее Конституцию, одобренную в Боготе в начале 1820 г. Однако Колумбия пока существовала только на бумаге.
Сан-Мартину на юге, тем временем, предстояло совершить поход на Перу, ставшее цитаделью испанского владычества в Южной Америке после отвода туда основных сил колонизаторов. Подготовка военной операции проходила в обстановке небывалого энтузиазма широких слоев населения, ободренных блестящими победами освободительной армии и готовых ее поддержать.
В августе 1820 г. Сан-Мартин, сразу после получения известия о начале революции в Испании, отправился к своей армии, дислоцированной в Чили. Для похода на Перу был подготовлен флот из военных и транспортных кораблей, переданных англичанами. Ультиматум патриотов перуанскому вице-королю с требованием отказаться от сопротивления и признать независимость Перу был с гневом отвергнут. В августе 1820 г. войска Сан-Мартина выдвинулись из Вальпараисо морем вдоль тихоокеанского побережья. По мере продвижения на север, к столице Перу Лиме, Сан-Мартин собирал в свои отряды креольских солдат и офицеров, покидавших армию роялистов и переходивших на сторону восставших.
В Лиме специальные эмиссары Сан-Мартина установили контакт с местными национально-освободительными организациями и начали подготовку народного восстания. Оценив соотношение сил, вице-король предпочел сохранить армию, и 21 июля 1821 г. колониальные войска без боя отступили к северу, сохранив контроль над значительной частью страны, включая Верхнее Перу. Войдя в Лиму, 28 июля 1821 г., Сан-Мартин провозгласил независимость страны, и стал протектором Перу. Были изданы первые декреты новой власти, открывшие для иностранных кораблей перуанские порты, провозгласившие гражданские свободы и отменившие принудительные трудовые повинности индейских крестьян.
Известие об испанской революции придало новых сил не только южанам, но и северной армии Боливара, которой еще надо было освобождать Венесуэлу. В то время как армия Сан-Мартина шла с юга на север, Боливар продвигался ей навстречу. Ему удалось временно нейтрализовать испанские войска, подписав в 1820 г. соглашение о перемирии с генералом Морильо, переставшим получать инструкции из Мадрида. Уже в 1821 г., когда повстанцы собрались с силами, война возобновилась и столица Венесуэлы, Каракас, пала. Потери колонизаторов были весьма значительны. Появилось много перебежчиков, не желавших воевать на стороне терявшего власть испанского монарха.
6 мая 1821 г. была принята Конституция Колумбии, объявленной по настоянию Боливара, централизованной унитарной президентской республикой. Столицей стала Богота. После освобождения осенью того же года Панамы, ее ввели в состав Колумбии. Такой же была судьба освобожденного в 1822 г. Кито (Эквадор), где королевские войска были разгромлены соратником Боливара генералом Сукре.
Образовавшееся сильное и крупное государство могло оказать поддержку южанам, армия которых катастрофически теряла боеспособность в условиях непривычного климата предгорий. Протектор Перу Сан-Мартин пригласил Боливара на личную встречу. Она состоялась 26–27 июля 1822 г. в Гуаякиле. Историки до сих пор спорят по поводу содержания переговоров, которые носили конфиденциальный характер и никак не были прокомментированы участниками. Найти общего языка лидерам не удалось. Ярый республиканец Боливар остро реагировал на доводы Сан-Мартина – известного приверженца конституционного монархизма. Он отверг как предложение прислать на помощь южанам свою армию (считал, что она должна прежде подавить оставшиеся очаги сопротивления в Колумбии), так и идею взять под свое командование армию Сан-Мартина (счел недостойным воспользоваться плодами чужих трудов). Однако протектор Перу решил, что во имя победы общего дела ему следует уступить пальму первенства амбициозному бескомпромиссному Боливару, популярность которого была в тот период необыкновенно высока как в Америке, так и за ее пределами. Вернувшись в Лиму осенью 1822 г., Сан-Мартин сложил с себя командные и административные полномочия и отбыл в Европу, завершив свою политическую карьеру.