Адмирал Алексеев, едва став наместником, приказал перевести все броненосцы и 6 крейсеров из Владивостока в Артур. 19 ноября 1903 года к Тихоокеанской эскадре присоединились броненосец "Цесаревич" и броненосный крейсер "Баян".
Ни Морское министерство, ни Морской главный штаб в "дела" морских сил Тихого океана по-прежнему не вмешивались. Получалось так, что за все действия Русского флота на Тихом океане отвечает лично наместник, подчиняющийся только государю и Комитету по делам Дальнего Востока. Он же планирует войну, в первую очередь – на море. Поэтому против передислокации главных сил флота не возразил никто.
Между тем, использование Порт-Артура как главной флотской базы было возможно только в войне наступательной, когда мы наносим первый удар и сразу завладеваем инициативой. Если же мы намерены выжидать и предоставить право первого удара противнику, то такое базирование Тихоокеанской эскадры сулит ей крупные неудачи с первых же часов войны, обрекая на разгром или бездействие. Вопрос о характере будущей войны и её начале был вопросом высшего политического руководства, т.е. лично государя императора.
Государь император от решения этого вопроса всячески уклонялся.
Да, ключевой вопрос русско-японской войны – о базировании броненосцев – был решён наместником самостоятельно, и, как показало ближайшее будущее, решён неверно. Задачи Тихоокеанской эскадры с первых часов войны станут невыполнимыми, и очень скоро единственной задачей станет… возвращение во Владивосток (точнее – прорыв). Эту задачу эскадра тоже не выполнит. Русский флот сделался заложником адмиральской ошибки и проиграл войну на море задолго до пусков первых японских торпед. Адмирал же Того поступил в точном соответствии с изречением Сун-Цзы и стал "искать битвы только тогда, когда уже выиграл сражение".
В конце октября 1903 года Алексеев принял парад Тихоокеанской эскадры в Талиенванской бухте. Ему были оказаны почти царские почести – что, безусловно, вызвало неудовольствие в Петербурге и сильно ограничило самостоятельность и инициативу Евгения Ивановича как раз накануне войны.
Передовое положение Порт-Артура и недостатки фарватера ставили очень жёсткие условия эскадре адм. Старка. От главной базы японского флота Сасебо до корейских портов Чемульпо и Цинампо было рукой подать, поэтому нужно было начать первыми, одновременно с объявлением войны или даже до её начала.
Вообще же зона Корейского залива считалась как бы нейтральной, и появление морских сил в этих водах могло быть расценено как провокация, бесповоротно портящая отношения двух соседей. Русские корабли даже старались не заходить туда, и будущий театр военных действий (со множеством удобных для корабельных стоянок островов) оставался для Тихоокеанской эскадры подобием terra incognita.
Япония решила начать первой. В её распоряжении был только 1904 год, когда военные действия в Манчжурии могли привести к успеху. В 1905 г. русские, закончив кругобайкальский участок Транссиба, могли бы в самый короткий срок наводнить Манчжурию миллионной армией, что даже при отсутствии у них флота лишало Японию смысла начинать эту войну.
Японцы начали издалека
. К лету 1903 года основные военные приготовления были уже закончены, теперь нужно было искать предлог. В июне 1903 года возник "Корейский кризис", когда японские дипломаты неожиданно потребовали пересмотра всех существующих соглашений между Петербургом и Токио по разделу сфер влияния в Корее и в Манчжурии.12 августа 1903 года Наместником областей Дальнего Востока стал адмирал Алексеев, который сразу же попал в самую гущу этого кризиса. Его положение было незавидным. Недостаточно высокий ранг Наместника Е.И.В. не позволял ему самому вести переговоры от имени России, а достаточно высокий ранг Наместника Е.И.В. не позволял оставаться от них в стороне. Японские предложения, передаваемые в русский МИД через японского посла графа Курино, а через министра В.Н. Ламсдорфа- императору, потом пересылались из Петербурга в Мукден, где адмирал изучал их и составлял ответ, который отправлял в Петербург на "высочайшее благовоззрение". Рассмотрев проект ответа Алексеева, император вносил (или не вносил) поправки, и, теперь, уже через Ламсдорфа, снова отсылал его в Мукден по линии МИДа, для передачи русскому послу в Японии барону Розену, который лично информировал японское правительство.
Япония трижды выдвигала претензии к России, Алексеев трижды отвечал, во всех вопросах идя на уступки, ещё не затрагивающие чести России как державы. Да, адмирал трижды разрабатывал эти проекты, в которых нет ни намёка на желание унизить Японию – лишь не допускалось её вмешательство в манчжурские дела, отстаивалась свобода плавания русских судов вдоль берегов Кореи, возражалось против намерения Токио использовать корейскую территорию в военных целях. Во всех остальных вопросах Корея безусловно признавалась зоной японских интересов.