Основные инновации царя осуществлялись в ходе двух волн преобразований. Первая волна 1550-х годов в сущности, вопреки мифу Курбского, не отличалась разительно от второй волны (преобразований, связанных с опричниной). И хотя две волны преобразований чаще всего противопоставляют друг другу, олицетворяя их именами разных политиков (Сильвестра и Адашева для первой волны, опричных деятелей – для второй), тем не менее, прав С. Ф. Платонов, считавший царя Иоанна и в молодости, и в зрелости прекрасным, самостоятельным организатором и автором государственных проектов.
Первой волне реформ были свойственны такие черты, как закладывание имперского отношения к другим племенам (в частности, санкционированное государством усыновление русскими семьями «сирот казанских», после окончательного подчинения волжских ханств), упорядочение документооборота, унификация судебных порядков, устроение земских и губных структур, введение приказной системы управления.
Чрезвычайно важно, что это была также и эпоха складывания устойчивых черт духовного лица нашего государства. Стоглавый собор, создание сводных летописных трудов, Степенной книги, составление митрополитом Макарием Четьих Миней, начало введения в языковой обиход таких символических понятий, как «Святая Русь» и «Россия» – все это осуществлялось при непосредственном участии и сочувствии Иоанна IV.
Первая волна преобразований может быть названа устроением земщины
– в ней государство и земля обрели более логичную форму, земское самоуправление и обновленная административная и судебная системы органично дополняли друг друга. На этом этапе преобразований царь умело опирался на старую боярскую и княжескую знать, апеллируя к ее интересам. Были разработаны Государев родословец, разрядные книги и другие инструменты для оптимизации внутриэлитных отношений. Бояре и удельные князья выступали в эту эпоху не только феодалами-индивидуалистами, но фактически и главами тогдашних корпораций и кланов, представителями «землячеств» (в этом были большие минусы, поскольку интересы кланов и групп нередко парализовывали деятельность в интересах страны как целого, вели к конфликтам и затрудняли отправление функций верховной власти, – это черта, роднящая доопричный период с нашей современностью).Вся эта первая волна не была чем-то самодостаточным (хотя так могли думать князья и бояре, требовавшие от царя править «по старине»), она стала, с точки зрения Иоанна, подготовкой второй волны реформ – «опричного» скачка из античной, древнерусской в своеобразно русскую духовно-политическую формацию, из «кланово-тейповой» модели – в модель империи. В этом смысле опричнина не противоречит земщине с ее олигархической властью и низовой демократией, а достраивает ее до более совершенного и сложного порядка с высокой сопротивляемостью внешним вызовам и угрозам. По мысли современного историка Д. Н. Альшица, сутью опричнины стало вовсе не разделение государства, а строительство его верхнего этажа.