В 1989 году в Омске началось противостояние между региональным лидером ДУМЕС татарином Зулькарнаем Шакирзяновым и имамом одной из омских мечетей Ануарбеком Джунусовым. Вследствие недальновидной политики обеих конфликтующих сторон этот конфликт привел к расколу мусульманской общины области на татарский и казахский лагеря, а также к обособлению от Омского мухтасибата нескольких казахских мечетей. В июне 1997 года Зулькарнай Шакирзянов, ставший к этому времени муфтием и председателем ДУМ Сибири и Дальнего Востока – Омского муфтията, вышел из состава Совета муфтиев России и к октябрю того же года вступил в прямое противостояние с этой организацией. В 1998 году мусульманские общины Омской области подверглись экспансии входящего в Совет муфтиев ДУМАЧР. Вполне предсказуемо главным союзником Нафигуллы Аширова в регионе стал лидер казахской диаспоры Ануарбек Джунусов. Именно Джунусову было поручено возглавить Омский казыят ДУМАЧР, костяк которого составили казахские общины. Наименее изученным среди этнических предпосылок раскола является конфликт между двумя субэтническими группами татар – мишарями и казанскими татарами. Ряд исследователей считают, что данный конфликт восходит своими корнями ко временам Ивана Грозного, когда во время штурма Казани мишари выступили вместе с русскими против казанских татар. Ведущие лидеры татарского ислама Талгат Таджуддин и Равиль Гайнутдин являются казанскими татарами, что создает у мишарей чувство собственной ущемленности, особенно сильно проявляющейся на их исторических территориях – Московской, Рязанской и Нижегородской областях. Среди лидеров как Совета муфтиев России, так и ЦДУМ постоянно циркулируют слухи о возможном «мишарском перевороте». Эти слухи не получили отражения в прессе, однако сомневаться в их достоверности не приходится.
Этническая ситуация в исламских сообществах Краснодарского края и Кабардино-Балкарской Республики позволяет предположить, что при внешнем влиянии в этих регионах могут возникнуть татаро-адыгский и кабардино-балкарский конфликты. Так, известный российский этнограф М.Н. Губогло в своей статье «Этничность, религиозность, государственность» («Этнопанорама», №3,2000 год) упоминал о соперничестве между кабардинцами и балкарцами за пост главы ДУМ Кабардино-Балкарии.
Среди прочих предпосылок раскола наиболее тяжелые последствия для единства мусульманского сообщества трех субъектов Федерации – Республики Дагестан, КарачаевоЧеркесской Республики и Ставропольского края – имели межнациональные конфликты, в которые вовлекались более двух народов. Спроецировавшись на внутримусульманские взаимоотношения, такие конфликты породили полиэтнические расколы, ставшие причиной появления сразу нескольких враждующих между собой мусульманских структур.
Республика Дагестан является самым многонациональным субъектом Российской Федерации. Ни один народ не составляет в ней большинство населения, поэтому в советское время в Дагестане существовала сложная схема разделения власти между различными этническими группами. Некоторый приоритет в ней отдавался аварцам как самому многочисленному этносу.
Незадолго до развала Советского Союза схема этнического паритета была упразднена и к власти в Дагестане пришли даргинцы, занявшие большинство ключевых постов.
Изменения коснулись и высшего руководящего звена ДУМСК, в котором с 1944 года соблюдался принцип ротации, позволявший занимать пост муфтия Северного Кавказа представителям разных народов.
Смещение в мае 1989 года председателя ДУМСК балкарца Махмуда Геккиева осуществлялось силами «инициативной группы», состоящей преимущественно из дагестанцев.
Неудивительно, что ее вдохновитель Зейдулла Алибекова, внезапно ставший значимым мусульманским лидером, желал видеть новым муфтием своего земляка и принял для этого все необходимые меры. В октябре 1989 года в Махачкале открылся съезд мусульман Северного Кавказа, поставивший себе задачу избрать нового председателя ДУМСК. Все выдвинутые на эту должность кандидаты оказались дагестанцами, и вскоре съезд свелся к жесткой полемике между представителями различных этнических групп Дагестана.
Представители других северокавказских народов, формально имевшие не меньше прав бороться за пост муфтия, некоторое время с недоумением взирали на происходящее, а затем уполномочили казыя Карачаево-Черкесии изложить их общее мнение. В своем выступлении казый с сожалением отметил, что интересы недагестанских народов в ДУМСК более не учитываются, в связи с чем они оставляют за собой право обособиться от этого муфтията.
Это заявление и стало кульминацией съезда – выборы муфтия ДУМСК успехом не увенчались. Так искусственно подогретые противоречия между дагестанскими и недагестанскими мусульманами привели к распаду ДУМСК, которого вполне можно было избежать.