В дальнейшем межнациональные противоречия стали фатальными и для единства ДУМ Дагестана, в которое трансформировалось ДУМСК. 27 января 1990 года в Махачкале открылся очередной съезд мусульман Северного Кавказа, фактически ставший съездом дагестанских мусульман.
На нем вновь проявилось соперничество основных этнических групп Дагестана – в первую очередь аварцев и кумыков – и связанное с этим желание дагестанских властей предрешить результат голосования, исходя из собственных представлений об этническом паритете. В итоге и.о. муфтия даргинец Ахмед Магомедов, имевший наилучшие шансы на успех, был вынужден снять свою кандидатуру. По результатам голосования большинство голосов набрал имам махачкалинской соборной мечети кумык Багаутдин Исаев, в то время как протеже правительства Республики Дагестан аварец Абдулла Эльдарханов занял только второе место. Примечательно, что избранный делегатами съезда Совет алимов ДУМ Дагестана был сформирован с учетом процентного соотношения основных дагестанских этносов.
Относительно мирный период в дагестанской умме продолжался всего два года. Противоречия между аварцами и кумыками нарастали и в итоге привели к новому конфликту. 29 февраля 1992 года в Махачкале открылся первый (по другой хронологии – третий) съезд мусульман Дагестана, созванный по инициативе аварских духовных лидеров, чье влияние в исламском сообществе за прошедшие два года резко возросло. Несмотря на призывы к единению мусульман и намерение оргкомитета реанимировать ДУМСК, в действительности произошло прямо обратное. Муфтий Багаутдин Исаев отказался принять участие в работе съезда, что, правда, не помешало сместить его с занимаемой должности и избрать нового председателя ДУМ Дагестана, которым стал аварец Саид-Ахмед Дарбишгаджиев. Под давлением делегатов-аварцев был также избран новый Совет алимов, в котором 10 мест из 27 заняли представители их народа.
Столь воциющее нарушение прав других этнических групп Дагестана, каждая из которых теперь могла рассчитывать только на одно место в Совете алимов, вкупе с весьма сомнительными обстоятельствами избрания Дарбишгаджиева, привело к бойкоту выборов кумыкскими и даргинскими делегатами, поспешившими покинуть съезд. Багаутдин Исаев денонсировал все решения своих оппонентов, однако, не имея возможности восстановить status quo, заявил о начале формирования национального кумыкского ДУМ. 4 марта 1992 года перед штаб-квартирой ДУМ Дагестана прошел митинг кумыков и даргинцев, которые заявили о создании оргкомитета по подготовке альтернативного съезда и начале создания альтернативных духовных управлений – кумыкского и даргинского. Вскоре их примеру последовали лезгины и ногайцы. Начался раскол ДУМ Дагестана по национальному признаку, приведший к появлению, по, меньшей мере, 4 моноэтнических муфтиятов. Ситуацию еще более усугубили многочисленные межнациональные конфликты, ставшие следствием масштабных миграций внутри Дагестана. Этот период новейшей истории стал для исламского сообщества Дагестана наиболее драматичным. Полиэтнический раскол отбросил крупнейшую региональную умму на периферию исламского мира России, надолго заставив ее замкнуться на решении собственных проблем. Долгое отсутствие в Дагестане единого духовного центра создало режим максимального благоприятствования для проникновения в республику эмиссаров «чистого ислама».
К 1997 году дагестанские власти смогли формально преодолеть полиэтнический раскол, упразднив национальные ДУМы и замкнув всех традиционных мусульман на аварское ДУМ Дагестана. Многие исламоведы, правда, отмечают, что противоречия в религиозной сфере между основными этническими группами Дагестана сохраняются и духовная монополия ДУМ Дагестана основана только на поддержке власть имущих.
Полиэтнические конфликты нанесли тяжелый урон и другой мусульманской централизованной структуре Северного Кавказа – ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья (ДУМ КЧРиС). Зона его юрисдикции, как следует из названия, распространялась на территорию Карачаево-Черкесии и Ставропольского края, чьи мусульманские сообщества оказались крайне неоднородными в этническом плане.
Первые несколько лет истории ДУМ КЧРиС на ситуацию внутри этого муфтията влияло только мусульманское сообщество Карачаево-Черкесии – умма Ставрополья была слишком неорганизованна и располагала незначительным числом общин. Выделение Карачаево-Черкесии из Ставропольского края в отдельный субъект Федерации вызвало всплеск национальной активности в пределах новообразованной республики и привело к обострению отношений между ее титульными этническими группами – карачаевцами и черкесами.