Середина 90-х годов была отмечена для дагестанской уммы усугублением полиэтнического раскола, который достиг своего апогея. Угрожающая ситуация в исламской сфере вынудила светские власти отказаться от политики невмешательства во внутримусульманскую борьбу и открыто поддержать аварское духовное управление, которое с 1994 года возглавил муфтий Магомед Дарбишев, сменивший на этом посту Саида-Ахмеда Дарбишгаджиева. Предпочтение аварскому муфтияту было отдано по трем главным причинам: во-первых, аварцы оставались самым крупным этносом Дагестана и имели право хотя бы на доминирование в религиозной сфере (политическая сфера находилась под преимущественным контролем даргинцев); во-вторых, аварское управление было тесно связано с влиятельной Исламской демократической партией Дагестана Абдурашида Саидова, активно лоббировавшей его интересы в Госсовете республики; в-третьих ведущие духовные лидеры аварцев являлись мюридами авторитетного суфийского шейха Саида-Афанди Чиркейского, влияние которого на происходящие в Дагестане процессы становилось все более заметным.26 февраля 1994 года аварское ДУМ Дагестана было зарегистрировано в качестве единого мусульманского центра республики, в то время как иные национальные муфтияты не смогли пройти перерегистрацию. Далеко не все мусульманские лидеры республики одобрили действия властей и признали приоритет аварского ДУМ, однако радикальные меры дагестанского руководства все же возымели свое действие – полиэтнический раскол стал постепенно преодолеваться. Консолидации традиционных дагестанских мусульман способствовало и значительное усиление их общих врагов – ваххабитов, которые перешли от простой пропаганды своих идей к более решительным методам. В ваххабитских мечетях все чаще раздавались призывы к созданию вооруженных отрядов и насильственному захвату власти, и в некоторых селах эти призывы начали воплощаться в жизнь..
К 1997 году ваххабиты захватили власть в селениях Кадар, Чабанмахи и Карамахи Буйнакского района республики, изгнав из них не только придерживающихся традиционного ислама имамов, но и представителей светской власти. В произошедших стычках погибло несколько человек, что резко обострило противостояние ваххабитов и тарикатистов. Ситуацию усугубляли и заявления чеченских полевых командиров, обещавших вооруженную помощь своим «притесняемым» дагестанским единоверцам.
Нагнетание обстановки создало опасность повторения чеченского сценария в его худшем варианте. Дагестану угрожало масштабное вооруженное противостояние между тарикастистами и салафитами, которое со временем неизбежно бы трансформировалось в христианско-мусульманский конфликт.
Расширявшийся раскол российской уммы вопреки имевшимся опасениям не затормозил процесс исламского возрождения, однако придал ему стихийный и неорганизованный характер. Переходный период между кризисом советской системы муфтиятов и становлением новых мусульманских структур вынудил многие мусульманские общины самостоятельно заботиться о своих нуждах. Впрочем, значительный всплеск интереса к исламу во многом компенсировал неудобства от внутримусульманских нестроений.