Июль 1996 года стал звездным часом для московского муфтия Равиля Гайнутдина, который за прошедшие со времени выхода из ЦДУМ два года значительно упрочил свое положение во всех сферах, получив прямой выход на источники финансовой помощи из арабских стран и завоевав авторитет в высших правительственных кругах. Столь быстрый рост влияния ДУМЦЕР обеспечили выгодное географическое положение его центрального аппарата, повышенное внимание к популяризации ислама в светских СМИ, а также личные качества Равиля Гайнутдина (Равиль Гайнутдин, будучи по образованию театральным режиссером, обладал всеми необходимыми качествами публичного политика.). Набранный политический вес и грамотная работа с прессой сделали московского муфтия подходящим претендентом на лидерство в российской умме. 1 июля 1996 года по инициативе муфтия Равиля Гайнутдина в Москве прошел меджлис глав созданных после 1992 года духовных управлений: Московского муфтията, ДУМ РТ, ДУМ РБ, ДУМ Поволжья, ДУМ «Ассоциация мечетей», Бугурусланского муфтията и Регионального ДУМ Ульяновска и Ульяновской области. По итогам меджлиса было принято решение о создании новой централизованной всероссийской мусульманской структуры – Совета муфтиев России.
Председателем Совета был избран муфтий Равиль Гайнутдин, в то время как лидеры вышеперечисленных муфтиятов заняли посты его сопредседателей. Главной причиной создания Совета муфтиев декларировалось желание консолидировать расколотое мусульманское сообщество России и примирить враждующие стороны. Изначально муфтий Равиль Гайнутдин надеялся (по крайней мере, на словах) восстановить отношения с ЦДУМ и пригласить верховного муфтия Талгата Таджуддина в ряды своих сопредседателей, однако категорический отказ председателя ЦДУМ иметь какие-либо дела с лидерами новых ДУМов обусловил начало нового противостояния. Довольно быстро Совет муфтиев России отодвинул на второй план уже изрядно скомпрометировавший себя БКЦДУМР и занял нишу главного конкурента ЦДУМ.
Создание Совета муфтиев России на некоторое время успокоило бушующие в Поволжской умме страсти, и почти целый год серьезных конфликтов в ней не отмечалось. К 1997 году Совет муфтиев значительно укрепился, приняв в свою юрисдикцию целый ряд новых централизованных структур и отдельных общин, а также наладил тесные связи с ДУМ Дагестана, ДУМ Адыгеи и Краснодарского края и ДУМ Чеченской Республики. Впрочем, тот факт, что лидеры ВКЦДУМР Габдулла Галиуллин и Нафигулла Аширов стали сопредседателями Совета муфтиев, позволял муфтию Равилю Гайнутдину заявлять об установлении контроля над всеми входящими в ВКЦДУМР северокавказскими муфтиятами, которые рассматривались как коллективный член Совета; Так впервые была предпринята попытка объединить духовные структуры Поволжской и Кавказской уммы в рамках одной централизованной организации и создать предпосылки для установления должности всероссийского мусульманского лидера. Эта попытка оказалась неудачной.