Как уже упоминалось в предыдущих главах, Совет муфтиев создавался именно как антипод ЦДУМ, а точнее – как клуб врагов Талгата Таджуддина. Централизованной структурой Совет мог считаться лишь с большой натяжкой – входившие в него муфтияты в полной мере сохраняли свою независимость, а их лидеры относились к Равилю Гайнутдину точно так же, как президенты России и США к генсеку ООН Кофи Аннану – то есть уважали, но не подчинялись и могли безболезненно игнорировать его пожелания. «Таким образом, в России в организационном плане в исламе есть две крайности – с одной стороны, практически патриархическое устройство, соответствующее форме абсолютной монархии, – это ЦДУМ, а с другой стороны – слабоструктурированный СМР (Совет муфтиев России), действующий в форме полуформального клуба муфтиев, базирующийся в основном на личных контактах и отношениях», – отмечает первый заместитель муфтия Татарстана Валиулла Якупов, считающийся одним из самых ярких лидеров Совета муфтиев. По Уставу Совета муфтиев России (версия 1999 года) его председатель имел право «осуществлять координационную и объединительную деятельность религиозных мусульманских организаций, входящих в состав Совета», по поручению сопредседателей выступать от имени религиозных мусульманских объединений, входящих в состав Совета, представлять их интересы в государственных, общественных, политических, религиозных и других организациях РФ, зарубежных и международных организациях» и должен был переизбираться каждые три года. То есть особыми полномочиями теоретически не обладал. Практически же муфтий Равиль Гайнутдин превратил Совет муфтиев в гораздо более авторитарную структуру, нежели ЦДУМ За весь десятилетний период существования Совета муфтиев России ни в одном СМИ не появилось информации о продлении полномочий его председателя, которое должно было производится каждые три года очень узким кругом людей – Меджлисом сопредседателей (При переговорах с Министерством юстиции представители Совета муфтиев, правда, утверждали, что в устав их организации со временем была внесена поправка, которая увеличивала срок полномочий председателя с трех до пяти лет, а переизбрание Равиля Гайнутдина состоялось летом 2001 года в рабочем порядке, поэтому о нем нигде не сообщалось). Между тем пожизненный верховный муфтий Талгат Таджуддин за это же время созвал два полноценных съезда ЦДУМ, на которые выносился вопрос о его переизбрании, а КЦМСК вообще устраивал ротацию своих председателей каждые три года. В последнем случае любой муфтий Северного Кавказа имел шансы стать мусульманским лидером всероссийского масштаба, в то время как сопредседатели Совета муфтиев России такой возможности не имели в принципе. И это обстоятельно вызывало плохо скрываемое раздражение таких амбициозных муфтиев, как Нафигулла Аширов и Мукаддас Бибарсов. Собственно управление Советом муфтиев России осуществлялось аппаратом ДУМЕР и личными помощниками Равиля Гайнутдина, среди которых к 2006 году стали доминировать не татары, а «русские» мусульмане и кавказцы. Из последних самой колоритной фигурой выглядел бывший союзник чеченских боевиков Мухаммад Карачай, объявивший себя генеральным секретарем Совета. В то время как АлиВячеслав Полосин ссорил Равиля Гайнутдина с Русской Православной Церковью, протестантами и его же собственными сопредседателями, Карачай сконцентрировался на оскорбительной критике северокавказских муфтиев. Остатки татарского лобби в Совете пытались, по мере своих сил, противодействовать «варягам», однако успеха в этом не имели и все больше оттеснялись от рычагов управления.
Постоянные внешние войны и внутренние конфликты пагубно сказывались на делопроизводстве Совета муфтиев, которое велось крайне неаккуратно. Временами складывалось впечатление, что лидеры Совета даже приблизительно не представляют, сколько в него входят организаций и сколько духовных лидеров имеют право голоса на заседаниях меджлиса. К примеру, в переданном в Министерство юстиции списке членов Совета (по состоянию на середину 2002 года) можно насчитать около 20 грубых ошибок – как орфографических, так и фактических. Так, в числе учредителей Совета муфтиев указывалось ДУМ Республики Северная Осетия – Алания, представители которого не принимали участие в создании этой организации; среди членов Совета упоминались все северокавказские муфтияты, которые на самом деле входили в состав КЦМСК и неоднократно подчеркивали свою независимость от муфтия Равиля Гайнутдина; названные членами Совета ДУМ Поволжья и ДУМ Республики Чувашия не существовали в природе, а в ДУМах Мордовии и Ульяновской области были неправильно указаны фамилии председателей. Менее авторитетная организация за подобные упущения могла бы лишиться регистрации, и это обстоятельство было прекрасно известно недругам московского муфтия.