Помимо затянувшегося правления Равиля Гайнутдина и сомнительной деятельности его помощников, многих сопредседателей Совета смущали чересчур скромные успехи Московского муфтията. Несмотря на значительные финансовые вливания и режим наибольшего благоприятствования со стороны властей, ДУМЕР за 12 лет своего существования сумело построить лишь несколько скромных мечетей и создать карликовый Московский исламский университет, который не мог удовлетворить потребностей даже малочисленных общин Центральной России. В самой Москве по инициативе Равиля Гайнутдина не было построено ни одной мечети, зато целый ряд таких проектов был торпедирован именно по его настоянию. Дополнительно усугубляла ситуацию и начавшаяся в 2005 году реконструкция московской Соборной мечети, которая требовала значительных средств. Несмотря на заверения московского муфтия в том, что столичная умма превышает три миллиона человек и состоит преимущественно из обеспеченных людей, он ездил собирать деньги по всему миру и все равно не набиралнужной суммы. Финансовое положение Совета муфтиев стало резко ухудшаться и вскоре появились первые признаки банкротства его головной структуры ДУМЕР, которая не смогла вернуть беспроцентные займы на очень крупную сумму. Создавалось впечатление, что либо Равиль Гайнутдин не умеет привлекать средства, либо спонсоры ему просто не доверяют.
В период острого конфликта с ЦДУМ упомянутые проблемы отходили на второй план вследствие «военного положения», однако после одностороннего прекращения этого противостояния они снова приобрели актуальность. Прекрасно понимая, что Совет муфтиев России жизнеспособен только во время отражения внешних атак, идеологи этой структуры стали искать замену ЦДУМ, однако ни Русская Православная Церковь, ни КЦМСК, ни даже «сионистская закулиса» на эту роль определенно не подходили. И тогда раздиравшие Совет муфтиев противоречия начали выплескиваться наружу.
Первый раз это произошло летом 2005 года, когда прессслужба Совета муфтиев России денонсировала заявления сопредседателя Совета муфтия Исмаила Шангареева, который подверг резкой критике политику властей и намекнул, что в случае «цветной» революции ее организаторы смогут рассчитывать на его единоверцев. Особой любви к действующей власти у Исмаила Шангареева действительно не было – в сентябре 2004 года правоохранительные органы окончательно закрыли созданное им медресе «Аль-Фуркан» в Бугуруслане, а в марте 2005 года арестовали его брата Мансура, обвиненного в незаконном хранении оружия и разжигании религиозной розни. Весьма показательным здесь выглядело то, что удары, нанесенные по Исмаилу Шангарееву, вызвали у коллег не столько сочувствие, сколько злорадство – активно расширяющее свое жизненное пространство ДУМ «Ассоциация мечетей России» давно раздражало и саратовского муфтия Мукадасса Бибарсова, и казанского муфтия Гусмана Исхакова; и уфимского муфтия Нурмухаммада Нигматуллина.
Другим проблемным сопредседателем для Совета муфтиев России неожиданно стал председатель ДУМ Нижнего Новгорода и Нижегородской области Умар Идрисов, который все сильнее подпадал под влияние своего молодого заместителя Дамира Мухетдинова. В ноябре – декабре 2005 года на официальном сайте его муфтията появилось несколько статей с резкой критикой нового государственного праздника – Дня народного единства, инициатива по введению которого была поддержана Советом муфтиев России. В материале «О необходимости выхода мусульманских организаций из Межрелигиозного совета России» муфтий Равиль Гайнутдин прямо обвинялся в предательстве мусульманских интересов и некомпетентности.
«В том, что день почитания списка иконы стал государственным праздником, видится огромная «заслуга» прежде всего не столько идеологов РПЦ, сколько некомпетентных участников Межрелигиозного Совета России», – утверждал анонимный идеолог Нижегородского муфтията. Впоследствии отношения Умара Идрисова с Равилем Гайнутдина ухудшились еще сильнее, став откровенно враждебными.
Свою посильную лепту в развал Совета муфтиев вносили и активисты Российского исламского наследия. 5 декабря 2005 года на сайте Вячеслава-Али Полосина появилась подборка мнений ряда мусульманских деятелей, которые требовали убрать христианскую символику с Герба России. Причины, по которым верховный муфтий Нафигулла Аширов, карельский муфтий Висам Бардвил и первый заместитель муфтия Нижегородской области Дамир Мухетдинов заметили на гербе кресты и святого Георгия Победоносца только через пять лет после его утверждения Государственной Думой, так и остались неизвестными, однако резонанс их высказывания вызвали самый широкий.