После начала Второй мировой войны французские власти под предлогом военного времени запретили Партию алжирского народа, Алжирскую коммунистическую партию и иные объединения. Федерация туземных избранников и родственный ей образованный в 1938 г. Алжирский народный союз объявили о своем роспуске, а их руководители (Мухаммед Бен Джаллул, Фархат Аббас и др.) поддержали метрополию и вступили в ее армию. Из-за отказа сотрудничать с колониальной администрацией лидеры Ассоциации улемов-реформаторов шейх Абд аль-Хамид Бен Бадис (умерший в апреле 1940 г.) и ставший его преемником Башир аль-Ибрахими подверглись гонениям.
С июня 1940 г. после разгрома Франции фактическими хозяевами страны сделались германо-итальянские комиссии, призванные следить «за выполнением условий перемирия». По указанию Берлина марионеточное правительство Виши начало строительство железной дороги с целью соединить алжирский порт Оран с территориями Французской Западной Африки и облегчить эксплуатацию ее природных ресурсов. Из-за вывоза в Германию и Италию фосфоритов, черных и цветных металлов, продовольственных продуктов цены в Алжире с 1938 по 1942 гг. увеличились в два с лишним раза.
Несмотря на бедственное положение большинства алжирцев, крупные европейские колонисты, часть местных алжирских феодалов и колониальные вишистские чиновники занимались поставкой продовольствия и различного снаряжения воевавшему тогда против англичан в Египте и Ливии «Африканскому корпусу» генерала Роммеля. Пытаясь привлечь на свою сторону буржуазно-феодальные реакционные круги коренного населения, маршал Петэн включил двоих их представителей в образованный им Национальный совет французского государства. Главной силой антифашистского движения Сопротивления в стране в условиях установившегося вишистского террора были приверженцы генерала де Голля среди европейцев.
Высадившиеся в ноябре 1942 г. в Северной Африке англо-американские войска поначалу сохранили в Алжире на прежних постах чиновников петэновской администрации. На первых порах во главе нее командование союзников поставило адмирала Дарлана, а затем – тесно связанного с европейской переселенческой элитой генерала Жиро. Однако по мере нарастания антифашистского движения и впечатляющих военных успехов СССР власти союзников весной 1943 г. запретили реакционные периодические издания и отменили некоторые расистские законы прежнего режима. Запятнавших себя связями с державами «оси» наиболее одиозных представителей коллаборационистов репрессировали лишь с созданием в стране в июне 1943 г.
Французского комитета национального освобождения (ФКНО), возглавленного генералом де Голлем, который преобразовал его в июне 1944 г. во Временное правительство Франции и переехал вместе с ним в августе 1944 г. из Алжира в Париж.
В период 1940–1944 гг., использовав возможность реализовывать по высоким ценам продовольствие и товары первой необходимости, заметно обогатилась и окрепла национальная алжирская буржуазия. Пользуясь ослаблением метрополии после ее поражения 1940 г., усилением антиколониальных устремлений масс алжирцев, она начала предъявлять претензии на более весомую роль в общеполитической жизни страны. Ее лидеры Ф. Аббас, М. Бен Джаллул и другие направили французской администрации в декабре 1942 г. «Послание мусульманских представителей», а также «Манифест алжирского народа» (февраль 1943 г.) и «Проект реформ» (май 1943 г.), где выдвигались требования об освобождении из тюрем и концлагерей всех политзаключенных, гарантиях гражданских и политических свобод, проведения в дальнейшем выборов в Учредительное собрание, которое должно было утвердить конституцию автономного алжирского государства. Отклонив эти требования и репрессировав часть руководителей борьбы за автономию, ФКНО склонил на свою сторону правобуржуазных лидеров (Бен Джаллула, Лакдари, Тамзали и др.), удовлетворившихся предоставлением в марте 1944 г. феодалам, предпринимателям, чиновникам, интеллигенции и бывшим офицерам французского гражданства и права остальным алжирцам избирать 40 % депутатов в органы местного самоуправления.
Не изменившая принципам «Манифеста алжирского народа» патриотически настроенная часть национальной буржуазии по инициативе Ф. Аббаса в марте 1944 г. учредила ассоциацию «Друзья манифеста и свободы». В ее состав вошли также улемы во главе с возвратившимся из ссылки Баширом аль-Ибрахими и Партия алжирского народа, значительно обновившаяся и укрепившая за 1940–1944 гг. свои позиции среди городской мелкой буржуазии, студенчества, ремесленников, интеллигенции, рабочих и безработных. Являясь в рамках Ассоциации самой деятельной и радикальной фракцией, она издавала подпольно на арабском и французском языках газеты и листовки, имела влияние во многих общественных и культурных объединениях, располагала нелегальными отрядами боевиков, оружие которых было собрано на полях сражений в соседнем Тунисе, приобретено у американцев и англичан, похищено из арсеналов французской армии.