24 марта 1999 г. руководство НАТО объявило о срыве политических переговоров по Косово и своей готовности нанести авиационные удары по военным объектам в Югославии для того, чтобы склонить руководство страны к более конструктивной позиции. Одновременно на территорию Македонии был передислоцирован 11-тысячный контингент войск НАТО. В течение последующих двух месяцев территория Косово и другие районы Югославии подвергались ракетно-бомбовым ударам. Одной из мишеней стал и Белград. Параллельно развернулась ожесточенная пропагандистская война, которую Югославия явно проиграла. Впоследствии выяснилось, что официальные лица НАТО и многие средства массовой информации намеренно искажали информацию, представляя картины массового геноцида албанского населения в Косово. Но в период проведения военной кампании общественность в ведущих странах Запада, безусловно, поддерживала антисербские действия. Оказавшись под жесточайшим политическим и военным прессингом, перед лицом гуманитарной катастрофы внутри страны югославское руководство было вынуждено пойти на соглашение с НАТО. Важную роль в этот период сыграло и посредничество российской дипломатии. По результатам переговоров сербские войска в июне 1999 г. были полностью выведены из Косово. Вслед за ними ушло и большинство сербского, еврейского и цыганского населения края. Одновременно в Косово начали возвращаться албанские беженцы. Отряды АОК должны были сдать оружие. Косово перешло под контроль международных миротворческих сил. Территория края была поделена на три зоны – северную, центральную и южную. В их рамках выделены сектора ответственности пяти крупнейших стран НАТО (США, Великобритании, Франции, Германии, Италии), а также России. Как показали последующие события, присутствие миротворческих сил не обеспечило безопасности сербского населения. В Косово начались этнические чистки – теперь уже антисербские. В самой Сербии окончание военных действий также не принесло стабилизации. Участившиеся выступления оппозиции сменились летом – осенью 2000 г. новым витком сербо-черногорского конфликта. В июле федеральным правительством была осуществлена реформа конституционного устройства. Ее основным компонентом стал переход к избранию президента путем всеобщих, прямых выборов (ранее президент избирался парламентом). Первые выборы по новой модели прошли в сентябре 2000 г. Черногорский президент М. Джуканович призвал своих сограждан бойкотировать их. Федеральное правительство отдало приказ о передаче избирательных участков в Черногории под контроль армии. В Сербии избирательная кампания вызвала резкую радикализацию оппозиционного движения. Его представитель Воислав Коштуница отказался признать результаты первого тура выборов, в ходе которых он опередил Милошевича, но не набрал 50 % голосов. Решение Конституционного суда не о пересмотре результатов выборов, а их полной отмене и переносе выборов на 2001 г. вызвало взрыв недовольства оппозиции. В ночь на 6 октября толпы манифестантов разгромили здание Народной Скупщины в Белграде. Конституционный суд объявил Коштуницу президентом. Еще до этого решения лидеры ведущих стран Запада поспешили заявить о поражении Милошевича и отказе признать иные результаты выборов.
События югославского кризиса показали всю глубину геополитических противоречий, характеризующих процесс вовлечения постсоциалистической Восточной Европы в мировую политику. Неустойчивый региональный баланс сил, постоянно возобновляющееся «местечковое» соперничество, пестрая этническая карта, разная скорость и эффективность экономических преобразований, отсутствие устойчивых традиций существования суверенной национальной государственности – все эти факторы способствовали росту внешнеполитической уязвимости восточноевропейских стран. Большую роль сыграл и психологический комплекс «освобождения из социалистического лагеря», устойчивое недоверие и даже неприязнь к России как геополитической преемницы тоталитарной империи, надежда заручиться внешней поддержкой и гарантиями против повторного втягивания в сферу влияния недавнего союзника. Результатом стало стремление восточноевропейских стран решать спорные вопросы и проблемы безопасности не путем двустороннего или регионального сотрудничества, а прежде всего за счет поддержки великих держав (что исторически определяется термином «балканизация»). Особую важность с этой точки зрения имеет прямое самоотождествление многих восточноевропейских стран с «Западом», готовность к максимально быстрой интеграции в западноевропейские или евро-атлантические экономические, политические, военные структуры.