В конце ноября 1991 г. хорватская армия предприняла наступление в Западной Славонии. Военные операции сопровождались геноцидом сербского населения. Югославская федеральная армия, оставшаяся без политического руководства и четкого командования, стремительно теряла боеспособность. Сербские лидеры взяли курс на создание собственных вооруженных сил и не стремились к непосредственному вмешательству в хорватские события. В ноябре 1991 г. Президиум СФРЮ обратился к ООН с просьбой о вводе в зону конфликта миротворческого контингента. «Голубые каски» прибыли в Югославию весной 1992 г., однако, невзирая на присутствие миротворцев, хорватские войска осуществили несколько наступательных операций в стратегически важных районах Восточной Славонии. Одновременно проводилась модернизация хорватской армии. В 1992–1994 гг. благодаря экономической помощи Запада Хорватия истратила более миллиарда долларов на черном рынке вооружений. Официальное перемирие между Крайной и Загребом было заключено при российском посредничестве лишь в марте 1994 г. Но последовавшие затем политические переговоры зашли в тупик. Стремясь к радикальному решению «сербского вопроса» Хорватия вновь развязала военные действия. В мае и августе 1995 г. в ходе операций «Блеск» и «Буря» хорватская армия разгромила вооруженные формирования Сербской Крайны. Югославское правительство, равно как и сербские руководители из Боснии и Герцеговины, фактически заняло нейтральную позицию. Несмотря на декларативные обвинения в адрес Загреба С. Милошевич надеялся локализовать конфликт и не допустить втягивания в него Югославии. Миротворческий контингент ООН начал выводиться с территории Хорватии уже в августе 1995 г. Вслед за военным разгромом Сербской Крайны последовала этническая чистка этой территории и окончательная консолидация хорватской государственности.
Быстро нарушилось хрупкое равновесие в Боснии и Герцеговине. Лидер боснийских сербов Р. Караджич занимал весьма радикальную позицию и призывал официальный Белград начать объединение всего сербского населения бывшей Югославии. 9 января 1992 г. Скупщина сербского народа провозгласила Республику Сербскую Боснию и Герцеговину в качестве федеративной единицы СФРЮ. Но прошедший менее чем через месяц общереспубликанский референдум высказался за полный суверенитет государства. 1 марта 1992 г. Босния и Герцеговина объявила свою независимость. Мусульманские лидеры республики форсировали подготовку к военному столкновению с дислоцированными в Боснии и Герцеговине частями югославской армии. Одновременно свою армию начала создавать и Республика Сербская в составе Боснии и Герцеговины. В апреле 1992 г. между сербами и мусульманами начались открытые военные столкновения. США и Европейский союз вновь обвинили в разжигании конфликта Сербию. Руководящие органы СБСЕ ультимативно потребовали от Югославии вывести все войска с территории Боснии. Соответствующий договор был подписан уже 18 мая. Однако военные действия на территории республики становились все ожесточеннее. Размещенный в Боснии и Герцеговине миротворческий контингент ООН в этой ситуации оказался практически бессилен. До сентября 1993 г. «голубые каски» даже не имели права применять оружие. В республику начали пребывать сербские добровольцы из Югославии и моджахеды из многих мусульманских стран. Все большую активность проявляли и хорватские военные формирования. Конфликт приобрел трехсторонний характер, когда сербы, хорваты и мусульмане сражались между собой. Тем не менее «двойной стандарт» в отношении западных стран к событиям в Боснии сохранился. Это проявилось в полной мере в апреле 1993 г., когда в ответ на этнические чистки, проводимые мусульманами в сербских селах, войска сербов подвергли артиллерийскому обстрелу осажденный город Сребреница. Это стало поводом для принятия Советом Безопасности ООН резолюции об экономических санкциях против Югославии, т. е. страны, формально даже не участвовавшей в конфликте. Администрация США все более откровенно ориентировалась на силовое решение конфликта. Авиация НАТО превратила небо Боснии и Герцеговины в свою подконтрольную зону и периодически наносила «превентивные» удары по позициям сербских войск.