В период «бархатных революций» этническое противостояние окончательно превратилось в доминанту общественно-политической жизни югославской федерации. Коммунистическое руководство республик, ищущее выход из кризиса социализма в экономическом и политическом обособлении своих государств, приобрело черты этнополитических клановых элит. Суверенизация республик в 1990–1992 гг. не остановила нарастания межнациональной напряженности. Тлевший десятилетиями конфликт приобрел форму открытых военных столкновений. Первые выстрелы прозвучали в Словении. Еще до окончательного распада федеративного государства словенское руководство взяло курс на создание национальных военизированных формирований (отрядов территориальной обороны), разработку планов противодействия частям регулярной югославской армии. 26 июня 1991 г., в день провозглашения независимости, словенские вооруженные силы взяли под свой контроль опорные и таможенные пункты на границах республики, в том числе и границах с Австрией и Италией. Спустя несколько часов федеральный парламент принял решение о защите государственных границ. Выдвижение к внешним границам Словении частей югославской армии было встречено вооруженным сопротивлением местных отрядов самообороны. Явный перевес в вооружении югославских войск не имел большого значения, поскольку федеральное правительство решительно отказывалось признать начало военных действий. В ходе разрозненных стычек югославская сторона потеряла 44 убитых, словенская – 3. Правительство Словении официально объявило об агрессии Югославии против суверенного государства. Югославские части, передислоцированные к границе республики, оказались блокированы гражданским населением. В начале июля при посредничестве представителей ЕС начались переговоры. По их результатам подразделения югославской армии уже к концу месяца были выведены с территории Словении. Причина уступчивости официального Белграда заключалась, с одной стороны, в нежелании провоцировать крупномасштабный конфликт, а с другой – попыткой предотвратить образование словенско-хорватской коалиции. Сепаратизм хорватского руководства, в том числе нового лидера республики Ф. Туджмана, носил более агрессивный характер. В Хорватии открыто провоцировалась этническая рознь, нагнеталась антисербская истерия. В этой ситуации сербское население республики, компактно проживавшее в общинах Книна, Западной и Восточной Славонии, Северной Далмации, Бании и Лики, все решительнее выступало за создание национальной автономии. В конце июля 1990 г. был сформирован Сербский Сабор – представительный орган сербского народа в Хорватии, а также его исполнительные органы. Председателем Сабора стал Милан Бабич. По решению референдума, проведенного среди сербского населения, 21 декабря 1990 г. была провозглашена автономная область Сербская Крайна. Спустя несколько дней в Загребе была принята и новая хорватская конституция, где сербы признавались национальным меньшинством, но не о какой автономии речи не шло. В последующие месяцы Хорватию захлестнула волна сербофобии, участились террористические акты в отношении сербского населения и служащих югославской армии, начались гонения на православную церковь. Весной – летом 1991 г. начались постоянные вооруженные столкновения между хорватской полицией и сербскими отрядами самообороны. Руководство Сербской Крайны взяло курс на выход из республики. 12 мая 1991 г. в Себской Крайне был проведен референдум о присоединении к Сербии, а 16 мая соответствующее решение приняла краевая Скупщина. Поскольку югославское правительство не спешило солидаризироваться с такими действиями, 19 декабря 1991 г. сербские области Хорватии объединились в независимую Республику Сербскую Крайну.
Во второй половине 1991 г. военные действия на границе Хорватии и Сербской Крайны приобрели крупномасштабный характер. В них постепенно втягивались и регулярные части югославской армии, дислоцированные в сербских областях. Какой-либо ясной позиции в отношении этого конфликта у командования федеральной армии не было, но разрозненные действия югославских частей воспринимались правительством Хорватии и политическими кругами западных стран как агрессия со стороны Сербии. Переломным для общественного мнения на Западе стали события октября – ноября 1991 г., когда подразделения югославской армии почти месяц подвергали артиллерийскому обстрелу хорватский укрепленный район у города Дубровник. С этого момента любые действия хорватской армии находили полную моральную поддержку на Западе, тогда как Сербия постепенно оказывалась во внешнеполитической изоляции.