Более сложным оказалось решение национального вопроса в федеральных государствах – Чехословакии и Югославии. Обострение национального вопроса в Чехословакии стало очевидным сразу же после «бархатной революции» 1989 г. Широкий общественный резонанс приобрело обсуждение нового названия государства. Выяснилось, что франкоязычный текст Трианонского договора, учредившего федерацию, содержал название «Чехо-Словакия», тогда как конституция 1920 г. закрепила название «Чехословакия». Словацкие политические деятели использовали этот исторический казус для постановки вопроса о создании более симметричной модели федерации. Новое название государства – Чешская и Словацкая республика, утвержденное в апреле 1990 г., символизировало торжество идеи постепенной децентрализации федеральной государственности. В период подготовки и проведения первых свободных выборов в 1990 г. размежевание чешских и словацких политических сил стало еще более глубоким. Полное преобладание в Чехии «Гражданского форума» отразилось в формировании федеральных органов власти. Представитель радикального крыла партии В. Клаус стал министром экономики и фактически возглавил процесс реформ в стране. В Словакии сильным оставалось влияние левых и националистических партий. Принятая в декабре 1990 г. федеральная конституция закрепила первичность суверенитета двух республик и значительно сузила прерогативы федерального правительства.
В последующие полтора года динамика развития двух республик становилась все более разной. В Чехии успешно была осуществлена широкая приватизация, сохранялся минимальный уровень безработицы, быстро формировалась рыночная инфраструктура, росли иностранные капиталовложения. В Словаки процесс реформ носил менее успешный характер. Словацкая экономика, отягощенная непропорционально преобладающей тяжелой индустрией, громоздким военно-промышленным сектором не могла быть эффективно реформирована по «плану Клауса». Конверсия ВПК принесла всплеск безработицы. Либерализация ценообразования без успешных структурных преобразований подорвала потребительский рынок. К 1992 г. уже 40 % населения республики оказались за чертой бедности. Словацкое правительство В. Мечьяра требовало учесть региональную специфику в ходе реформ и обвиняло Прагу в нарушении принципа федерализма. В то же время федеральный министр экономики Клаус ратовал за усиление роли Чехии в рамках государства и даже преобразование федерации на территориальной, а не национальной основе. После победы на выборах 1992 г. в Словакии партии Мечьяра (Движения за демократическую Словакию) и на выборах в Чехии Гражданской демократической партии Клауса два центра политического влияния окончательно обособились. В 1992 г. последовали 4 раунда переговоров Мечьяра и Клауса, возглавивших республиканские правительства. Переговоры эти прошли в достаточно конструктивном стиле – обе стороны быстро достигли решения о начале процесса раздела федерации под контролем парламента. В июле 1992 г. была принята декларация Словацкого национального совета о суверенитете, хотя по опросам 34 % словаков в этот период еще выступали против раздела (равно как и 44 % чехов). 25 ноября 1992 г. Федеральное собрание ЧСФР большинством в 3 голоса приняло окончательное решение о разделе. В кратчайшие сроки была проведена большая работа по подготовке правовой базы этого процесса. В частности, были приняты Договор о добрососедстве, дружбе и сотрудничестве, предусматривавший механизм государственных консультаций и принцип свободного перемещения лиц на 15 лет, Таможенная уния о свободном перемещении товаров и услуг, комплекс договоров о границах, Договор о взаимных обязательствах в области труда (о равных условиях трудоустройства), Договор о возврате культурных ценностей, закон о разделе федерального имущества и т. д. Граждане Чехословакии получили право выбора гражданства той или другой республики. 31 декабря 1992 г. «бархатный развод» завершился. Преемниками федерального государства стали Словацкая республика и Чешская республика.