Острая политическая борьба развернулась в Панаме в преддверии всеобщих выборов 7 мая 1989 г., на которых правительственной Коалиции национального освобождения противостоял Гражданский демократический альянс оппозиции. Выборы проходили в присутствии иностранных наблюдателей и увенчались победой оппозиции и ее кандидата Гильермо Эндары. Однако правительство объявило о победе с небольшим перевесом правительственной коалиции, что вызвало бурные протесты оппозиции, переросшие в уличные беспорядки и столкновения с силами порядка. Тогда 10 мая власти аннулировали итоги выборов как сопровождавшиеся нарушениями и спорные и заявили о необходимости повторных выборов. Но это не успокоило оппозицию, ряды которой ширились по мере ужесточения режима Норьеги и роста произвола с его стороны. США усилили обвинения в адрес панамских властей, угрожая применить силу для смещения и захвата Норьеги. ОАГ признала, что в ходе выборов правительство Панамы и его сторонники допустили нарушения, но в то же время вновь высказалась против вмешательства извне в дела Панамы. Попытки ОАГ организовать переговоры противоборствующих сторон в Панаме при своем посредничестве не увенчались успехом. Оппозиция настаивала на признании своей победы, смещении Норьеги и отстранении Сил национальной обороны от участия в политической жизни.
Положение в Панаме продолжало обостряться. Было раскрыто несколько заговоров против Норьеги. 3 октября 1989 г. группа военных подняла восстание с требованиями отставки диктатора, но оно было подавлено. Руководители и организаторы восстания были тут же расстреляны. 11 октября Норьега был провозглашен «координатором народной власти», а 14 декабря – главой правительства, чем были закреплены его неограниченные полномочия. Норьега обвинил Вашингтон в причастности к попыткам его свержения и в подготовке интервенции против Панамы. 15 декабря в Панаме было объявлено «военное положение для сопротивления американской агрессии».
В ночь на 20 декабря 1989 г. американские войска численностью свыше 20 тыс. человек атаковали позиции Сил национальной обороны Панамы в густонаселенных кварталах столицы. Целями вторжения были объявлены свержение диктатуры Норьеги, его захват для передачи судебным органам США, восстановление демократии и защита проживающих в Панаме американских граждан. Силы национальной обороны оказали сопротивление, но войска США, имевшие подавляющее преимущество, в течение 20 декабря овладели основными стратегическими позициями в столице. 25 декабря Норьега явился в представительство Ватикана в Панаме. В начале января по настоянию Вашингтона он был выдан американцам и отправлен под арест в США. Там началась подготовка суда над ним по обвинению в нарушении прав человека, коррупции и причастности к контрабанде наркотиков в США.
21 декабря конституционным президентом Панамы был провозглашен победивший на аннулированных Норьегой майских выборах кандидат Гражданского демократического альянса оппозиции Гильермо Эндара, сформировавший новое правительство республики. К середине февраля 1990 г. американские войска были выведены из Панамы, кроме 13,5 тыс. человек, постоянно находившихся на военных базах США в зоне Панамского канала.
Вторжение войск США в Панаму было осуществлено под благовидным предлогом устранения коррумпированного преступного диктатора, связанного с наркомафией, восстановления демократии и передачи власти законно избранному панамцами президенту. Но в любом случае это было грубейшим нарушением норм международного права, прямой вооруженной интервенцией, показавшей, что и в новых условиях Вашингтон не отказался от рецидивов имперской политики в Латинской Америке. От бомбардировок, артобстрела и военных операций погибли несколько сотен панамцев и свыше 4 тыс. человек, преимущественно гражданское население, были ранены. В столице значительно пострадали жилые кварталы. США добились замены неугодного им режима на дружественный в стратегически важном для них районе Панамского канала. Многие латиноамериканские правительства и парламенты, ОАГ, Генеральная Ассамблея ООН выразили осуждение интервенции США в Панаме.
В сентябре 1991 г. в Майами в США наконец начался долго готовившийся американскими судебными органами процесс над Норьегой. В апреле 1992 г. он был признан виновным в причастности к контрабанде наркотиков и в других злоупотреблениях и приговорен к 40 годам заключения.