В апреле 1990 г. переговоры возобновились, затянувшись надолго. Правительство требовало от повстанцев сложить оружие и «включиться в демократический процесс». ФНОФМ соглашался на это только при условии чистки правительственной армии от реакционных элементов, наказания военных, виновных в нарушении прав человека, ликвидации карательных частей и осуществлении ряда других мер по демократизации республики. В 1991 г. в ходе переговоров при посредничестве ООН мучительно трудно, но все же стали намечаться с обеих сторон поиски компромиссных решений.
Наконец 16 января 1992 г. в Мехико было подписано соглашение о мире, положившее конец почти 12-летней гражданской войне, которая унесла 75 тыс. жизней. Боевые действия прекращались. В течение 9 месяцев повстанцы должны были разоружиться. Им гарантировались все гражданские и политические права. ФНОФМ преобразовался в легальную политическую партию. Вооруженные силы Сальвадора подлежали сокращению с 63 тыс. человек вдвое в течение двух лет и переходили под контроль гражданских властей. Репрессивные службы полиции и специальные карательные подразделения армии ликвидировались. Распускались военизированные гражданские организации. Предусматривалось создание национальной гражданской полиции с участием бывших бойцов ФНОФМ. Новая доктрина национальной безопасности должна была обеспечить невмешательство армии в политику и ограничить ее функции защитой суверенитета и территориальной целостности республики. Демократизировались избирательная и судебная системы. Правительство обязалось провести аграрную реформу, наделить землей крестьян и бывших бойцов ФНОФМ. Наблюдать за выполнением условий соглашения поручалось специальной миссии ООН.
Соглашение, таким образом, предусматривало демилитаризацию и глубокие демократические преобразования в Сальвадоре на основе широкого национального согласия и означало поражение правоэкстремистских сил. Это явилось важнейшим результатом гражданской войны 1980–1992 гг.
17 декабря 1992 г. в столице Сальвадора в присутствии Генерального секретаря ООН Бутроса Гали состоялась торжественная церемония национального примирения, констатировавшая завершение выполнения основных положений о мире. Получив легальный статус в качестве политической партии, ФНОФМ определил себя как «революционная и демократическая» партия, которая намерена мирными средствами бороться за демократические преобразования и социальную справедливость, имея конечной целью построение социализма. В марте 1994 г. состоялись всеобщие выборы, на которых победил правящий Националистический республиканский союз.
В Гватемале в начале 90-х годов все еще тлел очаг партизанской борьбы, которая велась с 1960 г., но так и не переросла в широкомасштабное движение. Тем не менее в результате карательной деятельности армии и военизированных организаций, вооруженных столкновений, террористических акций, действий репрессивных служб за 30 с небольшим лет в стране с 9-миллионным населением погибло свыше 150 тыс. человек, еще десятки тысяч пропали без вести, 1 млн. граждан стали беженцами. Были стерты с лица земли 440 населенных пунктов. Контроль гражданского правительства над всесильными вооруженными силами был довольно эфемерным.
В апреле 1991 г. начались переговоры о прекращении вооруженной борьбы между повстанческими организациями и правительством. Однако они шли вяло и затянулись надолго без ощутимого прогресса из-за жесткой позиции армейского руководства, требовавшего одностороннего разоружения повстанцев, в то время как те настаивали на гарантиях своей легальной деятельности, мерах по демократизации страны, на реальном подчинении вооруженных сил гражданским властям и наказании виновных в преступлениях против прав человека.