В 1674 году, будучи в Новгороде, швед Э. Пальмквист составил глазомерный план Новгорода и дал к нему описание. Он отмечает: «Город раскинулся по большому и ровному полю, прорезаемому рядом рек, которые обтекают валы. Это большей частью притоки реки Волхова, протекающей через город, что предоставляет жителям большие удобства для торговли и бытовых надобностей… Новгород мог бы держать в руках всю русскую торговлю лучше, чем какой-либо другой [город]… Река Волхов делит город на две части, причем западная часть, кроме дворца, состоит из двух разных частей, со своими валами и башнями… Самая укрепленная часть Новгорода - замок, окруженный прекрасной высокой и чрезвычайно толстой стеной с сухим рвом… Вид на город, с его мопастырями, церквями и башнями, замечательно красив» [64, стр. 132].
Более наглядное представление о городе того времени дает гравюра с изображением осады Новгорода суздальской ратью. На ней видно, как восточная, или Торговая, сторона окружена со всех сторон стеной со многими башнями, а западная, или Софийская, имеет три ряда укреплений - кремль, Малый земляной город и острог. Икона аналогичного содержания имеется в Новгородском музее.
О плане кремля XVII века можно судить по вышивке на одеянии (омофоре) патриарха Никона, хранящемся в Новгороде, в музее. На нем есть такие исчезнувшие церкви, как Пречистенская, церковь Бориса и Глеба. Характер планировки жилых кварталов виден на плане части Новгорода, составленном в 1695 году. Кварталы, вытянутые вдоль улицы, имели двустороннюю застройку. Это хотя и удлиняло улицу, но обеспечивало удобные подъезды к каждому дому.
По-прежнему большое внимание уделялось церковному строительству. На средства московского гостя Ивана Сыркова в 1508 - 1511 годах была построена церковь Жен-мироносиц. Это четырехстолпный, кубического типа, одноглавый храм, имеющий три этажа. В 1960 годах церковь была реставрирована и получила первоначальный вид. Строительство такого довольно большого сооружения усилило значение Ярославова дворища как композиционного центра Торговой стороны.
Севернее церкви Жен-мироносиц находится церковь Георгия на Торгу, которую по времени строительства можно отнести к концу XVII столетия. Объем церкви закрепил пространственную связь с другими архитектурными сооружениями Торговой стороны, чему способствовала и церковь Климента. В результате реставрационно-восстановительных работ 1955 года церковь Климента раскрыла свои первоначальные формы. Она была возведена в 1520 году москвичом Василием Таракановым. Церковь также четырехстолпная, одноглавая, одноапсидная, с хорами и двумя приделами на хорах.
Иван Грозный ставил задачу создать в городе и окрестностях новые доминанты, соперничающие с Софией. В 1557 году на месте древней постройки, неподалеку от Федоровского ручья, была сооружена церковь Никиты-мученика. Эта церковь стояла возле Государева двора Ивана Грозного.
Крупная, шестистолпная, трехнефная постройка завершалась как предполагают, пятью главами. С трех сторон примыкала галерея - гульбище. К основному объему пристроена небольшая церковь - придел Николы. В композицию церкви включена крытая шатром колокольня в виде башни. В ее нижнем этаже размещалась еще одна небольшая церковь под названием «Феодосии под колоколы».
Церковь Бориса и Глеба, расположенная в северной части Плотницкого конца Торговой стороны, была выстроена всего за пять месяцев в 1536 году. По плану близка к новгородским памятникам XIV века. Возможно, церковь строилась на древнем основании. Она имеет пять глав. Каждое членение фасада завершается щипцом. Церковь - четырехстолпная, одноапсидпая. Она образовала еще одно звено в цепи архитектурных доминант, протянувшейся вдоль Волхова от центра к Антониеву монастырю.
У берега реки Волхов, в южной части Торговой стороны, реставрирован живописный комплекс XVI века, состоящий из церквей Михаила Архангела и Благовещенья. Обе церкви соединены галереями, хотя они не служили переходом из одной церкви в другую. Очевидно, строители имели цель соединить их в единый архитектурный объем.
Среди древних новгородских построек своими размерами выделяется Знаменский собор. Его строительство длилось с 1682 до 1688 года. Здесь уже явно выражены черты московского зодчества того времени. Пятиглавый храм опоясан с трех сторон закрытыми галереями-папертями. Фасады завершены закомарами с фресковыми росписями. Воздвигнутый по соседству с церковью Спаса Преображенья собор закрепил планировочный узел восточной окраины Новгорода.
На протяжении XVI - XVII столетий, т. е. после присоединения Новгорода к Москве, специфический характер города не только не был утрачен, но и подучил дальнейшее развитие. Во внешней панораме Новгорода активнее зазвучали мотивы гражданской застройки. Изменился силуэт центральной части кремля. Его завершали уже три доминанты: Софийский собор, Часозвоня и башня Кокуй, видимые с далеких расстояний.