Святитель Филипп стойко переносил заключение в темнице, хотя терпел и холод, и грубое обращение с ним. Иван Грозный решил физически истребить неугодного ему Филиппа. В темницу к нему впускали голодного медведя, но зверь не трогал Филиппа. Родственников митрополита – бояр Колычевых – зверски пытали, из них 10 человек погибли. Как-то ему в заключении подбросили мешок с отрубленной головой его родственника (по одной версии – Михаила Ивановича Колычева, по другой – любимого племянника Ивана). Митрополит поцеловал голову, благословил ее и вернул принесшему мешок. Царь видел, что сломить дух бывшего митрополита ему не под силу. Он велел отвезти его на заточение в дальний Тверской Отрочь монастырь, где он провел почти год. В конце 1569 г. царь Иван Грозный двинулся в поход против Новгорода и послал в Отрочь монастырь к низложенному митрополиту любимого опричника, палача Малюту Скуратова якобы за благословением царю. Малюта Скуратов в Отрочь монастыре задушил в 1569 г. беззащитного митрополита Филиппа подушкой. Монастырской же братии сказали, что Владыка Филипп умер от печного угара. Малюта Скуратов приказал похоронить его в тверском Отрочь монастыре без отпевания, что братия была вынуждена и сделать.
В 1591 г. сын Ивана Грозного – царь Федор Иоаннович, выделявшийся чрезвычайной набожностью и слабым здоровьем, распорядился перенести по просьбе братии Соловецкого монастыря останки митрополита Филиппа из тверского Отрочь монастыря в Соловецкий монастырь и перезахоронить их на том месте, где Владыка указывал (он хотел быть похороненным в этом монастыре).
В 1648 г. митрополит Московский Филипп был причислен к лику российских святых. В 1652 г. по поручению царя Алексея Михайловича Романова тогда еще митрополит Новгородский Никон (позже патриарх) перенес мощи святителя из Соловецкого монастыря в Москву в Успенский собор Кремля.
Кроме митрополита Филиппа, другим святым покровителем Иверского монастыря является Иаков Боровичский.