После разгрома Новгорода при московском великом князе Василии Темном литовская «партия» в Новгороде взяла верх и стала готовиться к освобождению от московской зависимости (установленной при Василии Темном) путем перехода под покровительство литовского князя. В 1471 г. Новгород, руководимый партией Борецких, заключил с литовским великим князем и королем польским Казимиром IV Ягойловичем (иначе Ягеллончиком) союзный договор, по которому Новгород признавал Казимира IV своим князем, король обязался защищать Новгород от Москвы, дать новгородцам своего наместника и соблюдать все новгородские вольности и старину. Великий московский князь Иван III и его сторонники оценили это как измену правителей Новгорода не только великому князю, но и православной вере. Умный и ловкий политик Иван III смог поднять против новгородских бояр не только Москву, но и большинство новгородцев. Иван III в 1471 г. организовал поход на Новгород. На р. Шелони в сражении плохо организованное, не обученное войско во главе с новгородским воеводой Дмитрием Исаковичем Борецким (сын Марфы Борецкой) потерпело сокрушительное поражение. Польский король Казимир IV не пришел помогать новгородцам, которые битву на Шелони проиграли, воевода Дмитрий Борецкий попал в плен. Новгородское правительство подписало договор с Московским княжеством, обещало не переходить под власть Литвы. Новгородского посадника (с 1471) Дмитрия Борецкого казнили, заговорщиков бояр посадили в тюрьму, Федора Борецкого арестовали за враждебную Москве деятельность. Марфу Борецкую с внуком отправили в оковах в Москву, огромные владения Борецких были конфискованы и отписаны московскому великому князю Ивану III, дом Марфы Борецкой был разрушен до основания. Есть и другие мнения о судьбе Марфы Исаковны Борецкой. По мнению известного историка Н.М. Карамзина, жизнь ее окончилась на эшафоте в Новгороде. Есть мнение, что Марфа была пострижена в Новгородском девичьем монастыре. Есть еще одно мнение – Марфу отвезли в Нижний Новгород, постригли в монахини, она стала инокиней Марфой в тамошнем девичьем монастыре. По мнению историка Н.Л. Пушкаревой, Марфа была казнена (1471) на пути в Москву, в небольшом селе Тверского княжества Млеве, в Млевском монастыре ее похоронили. Большой Энциклопедический словарь говорит о казни Марфы Борецкой (после 1471).
Покорение Новгорода Иваном III в 1478 г. Высылка Марфы-посадницы, знатных новгородцев и вечевого колокола в Москву. Художник А.Д. Кившенко. 1880-е гг.