Великий московский князь и первый русский царь (с 1547) Иван IV, названный Грозным (1530–1584, великий князь с 1533), не терпел Новгород, ненавидел его древнюю вечевую свободу. Новгородцы боялись его, просили митрополита Московского Филиппа ходатайствовать за них перед царем, что владыка и делал. Иван Грозный был очень начитанным человеком, читал и знал многие летописи, в том числе изложенные в них свободолюбивые события на Новгородской и Псковской землях, их вечевые порядки, зачатки республиканской вольницы, мощь особенно новгородских бояр. Долго созревала у него исключительная злоба к этим городам. В 1569 г. по приказу Ивана Грозного выселили из Новгорода 150 влиятельных горожан с их семьями и 500 из Пскова (по Н.И. Костомарову). В конце 1569 г. Иван Грозный с сыном Иваном возглавил карательный поход в Новгород. Во главе тайно подготовленного 15-тысячного опричного войска Иван Грозный чувствовал себя уверенно. В начале января 1570 г. Иван Грозный прибыл в Новгород, чуть раньше прибыл его передовой полк и окружил город, чтобы никто не мог покинуть его. Иван Грозный со своими опричниками более 5 недель чинил в Новгороде и его окрестностях жуткий погром (Новгородский погром в течение 36 дней 1570 г.), который стал кульминацией мерзкой опричной политики. Без разбору хватали, мучили, убивали новгородское духовенство, мирян всех возрастов, мужчин и женщин, не щадили ни младенцев, ни стариков. В зимнюю стужу людей раздевали, терзали, поджигали, били, волокли измученных по земле, топили в р. Волхов. По приказу Ивана Грозного, уничтожали купеческие лавки, растаскивали товары, ломали дома новгородцев, истребляли их собственность, рубили скот, убивали домашнюю птицу, разграбили соборную казну и ризницу, обокрали монастыри. В Новгороде из 6000 дворов осталось менее тысячи, остались только единицы из его ранее 30 тысяч жителей. Иван Грозный оставил в Новгороде наместника князя П.Д. Пронского (умер в 1577). В Москве он жестоко наказал видных московских бояр и приказных деятелей, которых подозревал в связях с новгородским архиепископом Пименом (которого он сместил, отправил в оковах в Москву, а затем сослал в Тульский монастырь, где он вскоре умер) и другими опальными новгородцами.
Для царя Ивана Грозного, который знал толк в женской красоте, Новгородская земля запомнилась и тем, что из девяти его венчанных и невенчанных жен две были дочерями новгородских дворян: Марфа Собакина и Анна Колтовская. 16-летняя Марфа Собакина стала третьей женой царя (ему 41 год) в конце 1571 г., ее царь выбрал себе в жены на смотринах после тщательного осмотра 2000 девиц. Свадьбу справили в Александровской слободе, а меньше чем через две недели она внезапно умерла. Весной 1572 г. по разрешению церковного Собора Иван Грозный (ему 42 года) женился в четвертый раз, его избранницей стала Анна Алексеевна Колтовская, брак с которой продолжался только несколько месяцев. Затем молодая царица была насильно пострижена в монахини, стала инокиней Введенского монастыря в г. Тихвине (где она жила до своей смерти, пережив супруга на 40 лет). Больше на девиц с новгородскими корнями царь Иван Грозный свое внимание не тратил, потому что не верил в их искренность и верность ему, как и всех новгородцев. Больше военных карательных зверств и цариц из новгородских девиц Новгород не знал. Но нерасположение новгородцев к Москве в царский период сполна не иссякло, особенно остерегались выдавать замуж дочерей за москвичей.
Говоря о недостатках в военной политике, бедах в боевой судьбе Великого Новгорода, нужно не забывать неизменную редчайшую героическую сущность его населения, защитников на протяжении всей его длительной истории. За 1150 лет (859—2009) Великий Новгород только два или три раза был покорен в бою и захвачен: 1) в 862 г. его захватил варяг Рюрик (но это оспаривается рядом исследователей); 2) 1611–1617 гг. – шведская оккупация Новгорода, захват его подлым нечестным путем, изменник-новгородец, некто Шваль, открыл врагам городские ворота; 3) 1941–1944 гг. – фашистская оккупация Новгорода (2 года 5 месяцев), но более 15 тыс. гитлеровских оккупантов нашли себе могилу у его стен.