С 1648 г. три года в Великом Новгороде жил на Владычном дворе в статусе митрополита Новгородского владыка Никон
, тогда ему было 43–45 лет. Проставление его на новгородскую кафедру, говорило о грядущем еще более высоком церковном восхождении Никона. Он получил от царя Алексея Михайловича Романова чрезвычайные полномочия в решении не только церковных, но и мирских дел в Новгороде. Особые полномочия позволяли ему осуществлять контроль за управлением и хозяйством в городе, карать проштрафившихся, освобождать из темниц узников, писать о всех новгородских делах царю. Никон всегда был суров и строг в делах, касающихся духовного здоровья общества, не терпел беспорядка в мирских делах, жестоко карал за бесхозяйственность, наказывал воров и пьяниц, причем не смотрел на происхождение виновных, их социальный статус, звания. Его требовательность и непреклонность казались гордым родовитым новгородским боярам оскорбительными, тем более что они знали о низком происхождении самого владыки. Они ужасались от ситуации, когда бывший сын крестьян-бедняков оценивал их дела, судил их поступки. Естественно, отношения Никона, новгородских бояр и властей не сложились. Простые люди тоже боялись его, поскольку имели множество недостатков. Конечно, они оценили, когда во время голода владыка на своем Владычном дворе велел ежедневно кормить голодных нищих, а временами раздавал деньги. Но голод ослабился, затем кончился, а требовательность Никона к точному выполнению православных правил только росла, его боялись. Никон никогда не позволял себе просто беседовать с людьми, объяснять им на доступном языке ситуацию в стране, в Новгородской земле, их городе, что расценивали как непозволительную гордыню и чрезмерное властолюбие. На втором году его пребывания в Великом Новгороде вспыхнул (1650) бунт. Народ по незнанию принял хлеб, вывозимый в Швецию в счет выкупа за православных людей, искавших защиты в России, за признак боярской измены. Никон не захотел или не смог понятно для простых людей объяснить народу причину увоза хлеба, да и еще пригрозил мятежникам Божьей карой, анафемой. Можно только удивляться тому, что Никон при его уме не смог догадаться выловить и наказать только зачинщиков беспорядков, а стал пугать, устрашать массу людей, толпу новгородцев, забыл о неписаных законах бесчинств многолюдной толпы. Чернь избила митрополита Никона до полусмерти. Очнувшись, он собрал последние силы, отслужил литургию в Софийском соборе и крестным ходом пошел на бунтовщиков. Люди были поражены его твердостью и неустрашимостью, смирились, стали просить у него прощения и ходатайства Никона перед царем о прощении за учиненные ими беспорядки. Владыка Никон действительно просил царя о прощении виновных. Вникнув глубже в отношения Никона и новгородцев, царь Алексей Михайлович Романов стал звать его в Москву, потому что беспокоился за сохранность его здоровья, жизни. Но Никон бесстрашно продолжал наводить порядок в Великом Новгороде. Несмотря на боярское недовольство Никоном, непростое отношение к нему и многих людей попроще, царь хотел вернуть его в Москву и способствовать выбору его Патриархом. По желанию царя церковный собор назвал владыку Никона в числе кандидатов к избранию на патриарший престол. Никон был обязан и поехал в Москву, где был избран (1652) Патриархом Московским и всея Руси. Через несколько лет, когда он уже был в опале и оставил по своей воле патриарший престол, в 1659 г. Никон приезжал в Великий Новгород и несколько месяцев жил в созданном им (1653) новгородском Иверском Валдайском монастыре (см. с. 382).