Став патриархом, Никон решительно приступил к исправлению церковных книг. При переписке богослужебных книг переписчики допускали ошибки, неточности, пропуски; русские церковные книги стали значительно отличаться от греческих образцов. За исправление церковных книг, введения единой редакции богослужения активно взялся патриарх Никон. В 1654 г. он созвал Церковный собор (собрание высшего духовенства) и предложил вновь перевести все церковные книги с греческих оригиналов и установить единый порядок богослужения. Собор утвердил предложенную патриархом реформу, ее поддержало и царское правительство. Не все согласились с этой реформой, так начался раскол в Русской православной церкви, появились старообрядцы и никонианцы. Никон начал жестко осуществлять реформу в жизни.
Патриарх Никон был личностью противоречивой и сложной. Он любил и всегда стремился к богатству, роскоши, славе, власти, первостепенной роли, причем не только в церковных делах. Любил жить на широкую ногу, в богатых хоромах, иметь прекрасный стол, хорошие и различные напитки, был неравнодушен к роскоши в одежде, поэтому порой злоупотреблял украшением патриарших одежд жемчугом и драгоценными камнями. Он владел огромными землями и большим числом крепостных крестьян, но считал, что этого для него недостаточно, и постоянно выпрашивал у царя новые подношения и подарки (но ведь все это было нужно не столько лично ему, а работало на интересы Русской православной церкви). Никон не понимал значение и полезность разумного перенятия иностранного опыта. Он недолюбливал иностранцев, следил, чтобы в центре Москвы не было их учреждений и увеличил ограничения для иностранцев в России. Некоторые из современников отмечали, что у Никона больше темперамента, чем интеллигентности или знаний, а его религиозное воспитание было недостаточным. Его провинциальные корни сильно давали о себе знать, столичные интеллигентность, должную образованность он сполна не приобрел. Его властный характер, талант актера, стремление к деятельности и борьбе, любовь к богатству, роскоши, власти – определили основные черты его жизни и в конечном счете решили его судьбу. Он не хотел и не мог быть вторым, это и определило его падение. Беда его была в том, что он всегда спешил, был нетерпеливым, не был способен на разумные компромиссы.