Патриарх Никон, с его низким происхождением и с определенными проблемами в культуре, воспитании и образовании, проявил и свои лучшие, и худшие качества. Деятельность патриарха Никона имела и позитивные, и негативные стороны. А острый конфликт Никона с царем, отстаивавшим приоритет царской власти, в конце концов привел к свержению патриарха Никона и лишению его патриаршего сана, к 15-летнему заточению в Ферапонтов монастырь. В 1658 г. патриарх Никон в гневе снял святительское облачение, оставил патриаршество и решил удалиться в созданный им Истринский-Воскресенский монастырь. В 1666 г. поместный Церковный Собор лишил его сана патриарха.
В 1666 г. и позже никто не вспоминал о хороших делах Никона, а их было немало. В статусе патриарха Никон резко поднял авторитет Православия, отстаивал превосходство церковной власти над светской и приоритет духовного над материальным, осуществил реформу в Церкви, начал исправление по греческим оригиналам церковных книг, обрядов, порядка богослужения. Кроме того, он упорядочил систему попечения о нищих, бедных, убогих, активно вел борьбу против несправедливости, коррупции, в том числе в государственных, судебных делах, принимал меры для пресечения пьянства и нравственной распущенности. Но он был чрезмерно властным и слишком гордым, резким, капризным, любил роскошь. Его вмешательство во внутреннюю и внешнюю политику русского государства под тезисом «священство выше царства» вызвали разрыв патриарха с царем Алексеем Михайловичем Романовым.
Никона, лишив патриаршего сана, сослали в северный Ферапонтов монастырь, где он прожил 10 лет (1666–1676, ему 61–71 год), в меру возможностей способствовал развитию, благоустройству, украшению этой обители. После смерти 47-летнего царя Алексея Михайловича положение ссыльного патриарха заметно ухудшилось. Этому способствовал его давний противник патриарх Иоанн. Никона перевели в соседний Кирилло-Белозерский монастырь под более строгий надзор, он жил в нем более пяти лет (1876–1681). В 1681 г. ему разрешили вернуться в созданный им подмосковный Новоиерусалимский монастырь, но по дороге к нему, в Ярославле, он умер в возрасте 76 лет.