В 1880 году, одиннадцати лет от роду, сын сельского псаломщика Павел Кульбуш поступает в Рижское духовное училище и через четыре года оканчивает его по первому разряду. Еще через шесть лет, в 1890 году, он оканчивает Рижскую духовную семинарию, также по первому разряду, а затем в качестве лучшего студента-выпускника зачисляется в Санкт-Петербургскую Духовную академию на условиях полного казенного содержания. Очутившись в столице Российской империи, Павел Кульбуш в свободное от напряженной учебы время старался помочь своим соотечественникам – православным эстам, волею судьбы оказавшимся в чужом городе. Блеск и великолепие столичной жизни не смутили и не тронули чистой и сострадательной души провинциального юноши. Необычное многообразие и насыщенность окружающей жизни не манили и не влекли его к себе. В заброшенные окраины шумного города, где ютились задавленные жизнью семьи эстонских рабочих, направил свои стопы пылкий и вдохновенный деятельной любовью студент Духовной академии. Вступив в петербургское «Общество религиозно-нравственного просвещения», Павел Кульбуш на правах его сотрудника и как человек, владеющий эстонским языком, проводил беседы с проживающими в столице православными эстонцами на их родном языке. Тогда же, в начале 90-х годов, православные эстонцы Петербурга получили возможность изредка совершать богослужения на своем родном языке, для чего приглашали в город из Кронштадта эстонского священника отца Адама Симо. Организацией и обучением любительского хора для проведения этих богослужений занялся Павел Кульбуш, чем, несомненно, оказал существенную помощь своим соотечественникам в удовлетворении духовных нужд.
Между тем, учебная жизнь следовала своим чередом и требовала от питомцев академии неослабного и упорного труда. Умение идти навстречу житейским трудностям эстонской бедноты сочеталось в личности будущего священномученика со склонностями к серьезному богословскому поиску. К концу обучения в академии он обрел зрелость и самостоятельность богословской мысли. Вот какой отзыв профессора Н. Е. Троицкого о кандидатской работе Павла Кульбуша помещен в журнале совета академии за 1893–1894 учебный год: «Г. Кульбуш прослеживает и анализирует два основных фазиса в развитии Лютерова учения о покаянии и исповеди. Причем он шаг за шагом следит за развитием мысли Лютера в том и другом фазисе от начала до конца, не опуская ни одной мелочи, ни одного внешнего влияния на ее метаморфозу, а стараясь всему отвести подобающее место, все оценить в меру его действительного значения. В результате получается совершенно ясная картина развития мысли Лютера о покаянии и исповеди в обоих фазисах, причем вполне разъясняющая и причины ее колебания, и конечный результат, на котором он остановился. Прекрасное знание латинского и немецкого языков позволило автору самостоятельно исследовать первоисточники. Диссертация г. Кульбуша вполне заслуживает не только кандидатской степени, но и особого внимания совета академии»[9]
.Диссертация Павла Кульбуша была посвящена истории вопроса и исповеди у лютеран. Следует отметить, что даже богословский поиск будущего первосвятителя эстонской Церкви имел не отвлеченный, а сугубо практический, деятельный характер. Из всего многообразия богословских тем он выбрал ту, которая могла пригодиться ему в его будущем пастырском служении. Намечая тему диссертации, он думал не о степени кандидата, а о своем предстоящем служении в Рижской епархии, где сильно распространена была лютеранская вера. Вот почему главным объектом его изучения стали особенности протестантского вероучения.