Пред годиной величайших испытаний, тяжких страданий и внешних потерь Русская Церковь в последнее царствование переживала пору самого славного расцвета, полноту и силу высшего своего развития.
Количество церквей в его царствование увеличилось более чем на 10 тысяч. Их стало к концу царствования 57 тысяч. Количество монастырей увеличилось боле чем на 250. Их стало 1025. Обновляются древние храмы. Царь сам присутствует при закладке и освящении многих новых. Он жертвует на их построение свои личные средства.
(Отметим одну такую жертву. В 1899 г. комитет по постройке православного храма в Нью-Йорке для сбора пожертвований командировал в Россию священника А. Хотовицкого. Государь положил почин в предпринятом деле с милостивыми словами: «Я жертвую от себя 5000 рублей на важное христианское дело». Это послужило примером для всех благочестивых сынов Православной Руси. Много драгоценной утвари дарил государь различным церквам. В Бари (Италия), в древнем храме св. Николая Мирликийского, где в нижнем помещении хранятся его мощи, висят более двадцати прекраснейших лампад, сработанных из литого серебра в древнерусском стиле; самые большие из них в диаметре приблизительно со столовую тарелку. Монах-итальянец, сопровождающий и дающий пояснения, указывая на эти горящие лампады, говорит: «Все они были присланы сюда к мощам св. Николая Мирликийского Его Величеством Государем Императором Всероссийским Николаем Вторым».)
Посещает храмы и монастыри во всех углах страны, принося благоговейное поклонение местным святыням — святым мощам и чудотворным иконам. Участвует в юбилейных торжествах в память разных российских святых или церковных событий. Особенно заботится об основании православных братств по укреплению православия в инославных областях. Духовно-просветительная миссионерская деятельность среди татар Казанской епархии пользуется его особым вниманием и в крещенотатарских школах первые десять учеников содержатся на его средства. Царь подчеркивает исключительное назначение «школьного образования и воспитания крестьянских детей в нераздельной связи с церковью и приходом» и количество церковноприходских школ возрастает до 37 тысяч.
Выделение Холмской губернии из царства Польского произошло исключительно в интересах православия, притесняемого поляками, и без ущерба для их исповедания. Еще ранее этого государь писал на одном из докладов: «Поляки безвозбранно да чтут Господа по латинскому обряду, русские же люди искони были и будут православными и вместе с царем своим и царицей выше всего чтут и любят родную Православную Церковь».
17 апреля 1905 г., на Пасху, издан был закон о веротерпимости. Всякому совершеннолетнему русскому подданному предоставлялось право исповедовать любое христианское учение. Старообрядцам и сектантам отдавались их молитвенные дома. В 1906 г. было создано Предсоборное Присутствие, которое усердно проработало и оставило ценнейшие материалы по всем вопросам церковного устройства. Это уже была подготовка для Церковного Собора 1917 г.
Много царь потрудился для славы Церкви. Им сделано было все для духовного спасения России в лоне ее.
В основание всего в своем царстве государь полагает не иное что, как благочестие, сам лично давая пример его, глубокого, чисто древнерусского, любви к благолепию служб церковных, почитания святынь, усердие к прославлению великих подвижников святой богоугодной жизни. Господь прославил последнее русское царствование более частым открытием угодников, чем это даже было во времена древние. Были прославлены:
Святитель Феодосий Углицкий, архиепископ Черниговский, 9 сентября 1896 г.
Преподобный Серафим Саровский 19 июля 1903 г.
Св. княгиня Анна Кашинская 12 июня 1909 г.
Преподобная княгиня Евфросиния Полоцкая 23 мая 1910 г.
Святитель Иоасаф, епископ Белгородский, 4 сентября 1911 г.
Святитель Гермоген, патриарх Московский, 17 февраля 1913 г.
Святитель Питирим, епископ Тамбовский, 28 июля 1914 г.
Святитель Иоанн, митрополит Тобольский, 10 июня 1916 г.
После открытия мощей св. Тихона Задонского в 1861 г., сопровождавшегося народным энтузиазмом и многими чудесами, по России распространился слух, будто бы император Александр II выразился, что это будет последний святой в России. Не верится, чтобы государь мог сказать такую фразу, но самый факт распространения такого слуха достаточно характеризует тогдашние общественные настроения.