В первые дни революции даже большевики не решились сразу покуситься на высокую настоятельницу Общины. Немецкое командование в лице графа Мирбаха добилось согласия большевистской власти на вывоз за границу великой княгини. Но сама великая княгиня категорически отказалась покинуть пределы России. Мирбах после Брест-Литовского мира два раза просил великую княгиню принять его и оба раза получил отказ. Она отказалась от каких-либо сношений с представителями вражеской державы. Русским же великая княгиня говорила: «Я никому ничего дурного не сделала: буди воля Господня!»
Наконец большевики послали ей распоряжение покинуть Москву и присоединиться к государю и его семье в Екатеринбурге.
Она просила дать ей два часа, чтобы сделать необходимые приготовления для дальнейшего пути, но ей в этом было отказано.
Выехала она под конвоем латышской гвардии и в сопровождении преданной ей послушницы сестры Варвары.
Ей сказали, что на новом месте она будет сестрой милосердия. Ей предоставили отдельное купе в дороге и все удобства. Она очень радовалась предстоящей встрече со своей сестрой императрицей и была этим воодушевлена в дороге. Оставленная же ею обитель пребывала в это время в слезах и печали. Однако, прибыв в Екатеринбург, великая княгиня не получила свидания с семьей государя. Послушнице удалось быть у дома царственных заключенных для какой-то передачи и видеть только через щели забора самого государя где-то в саду или у окна.
Известно, что великая княгиня дважды снеслась со своим духовником отцом Митрофаном Серебрянским. Первый раз она написала ему, что латышские солдаты вначале очень грубо с ней обращались, но затем стали гораздо снисходительнее, вследствие чего они были заменены русской гвардией, солдаты которой были бесцеремоннее и жестче. Второе письмо заключало в себе просьбу, чтобы московский патриарх, который тогда еще был на свободе, ходатайствовал о получении для нее разрешения перейти на вегетарианскую пищу, к которой она привыкла. Святейший патриарх Тихон пытался при помощи церковных организаций, с которыми на первых порах считалась большевистская власть, принять меры к ее освобождению, но безуспешно. Потом пребывание великой княгини в ссылке обставлено было одно время даже некоторыми удобствами: она была помещена в женском монастыре, где все сестры в ней принимали самое искреннее участие; особенным утешением для нее было то, что ей беспрепятственно разрешено было посещать церковные службы.
Весной 1918 г., вслед за прибытием государя с семьей из Тобольска, в Екатеринбург были привезены из Перми и помещены в грязной гостинице великий князь Сергей Михайлович с его слугой по фамилии Ф. Ремез, князья Иоанн, Константин и Георгий Константиновичи и князь Владимир Палей, 20 лет. С ними плохо обращались, поместили всех в одну комнату, кормили впроголодь, но позволяли иногда выходить на улицу, и они могли встречаться с людьми и навестить даже знакомых.
В конце мая великую княгиню и всех ее родственников перевезли в Алопаевск поблизости от Екатеринбурга и поместили в «Напольной школе» на краю города под охраной караула. Великая княгиня с разрешения властей сначала ходила в церковь, много работала в огороде, своими руками полола грядки и устраивала цветочные клумбы, рисовала и много молилась. Завтраки и обеды ей подавались в комнату; остальные заключенные кушали вместе.
Было какое-то общение с населением, потому что к здравствующим членам царственного дома из вещей великой княгини попало полотенце деревенского грубого полотна с вышитыми голубыми цветами и надписью, орфографию которой сохраняем: «Матушка Великая княгиня Елисавета Феодоровна не откажись принять по старому русскому обычаю хлеб-соль от верных слуг царя и отечества, крестьян Нейво-Алопаевской волости, Верхотурского уезда».
Великая княгиня по временам еще посылала слова ободрения и утешения глубоко скорбевшим о ней сестрам ее обители.
Так продолжалось до роковой ночи 5/18 июля. В эту ночь она внезапно была вывезена вместе с прочими царственными узниками. Убийство произошло в 12 верстах от Алопаевска по Верхотурскому тракту в шахте под названием «Нижняя Селимская».
Застрелен был только великий князь Сергей Михайлович. Остальные брошены в шахту живыми, с завязанными глазами.
Бросив в шахту людей, палачи бросали туда ручные гранаты, а затем разный хлам. Шахта была глубиною 28 саженей, но трупы великой княгини и князя Иоанна Константиновича были найдены на одной глубине в 7 с половиной саженей, на выступе шахты. Великая княгиня была жива довольно долго. Возле шахты слышалось церковное пение, которое продолжалось весь следующий день. Проезжавший мимо крестьянин, услышав это пение, в страхе погнал лошадей в сторону фронта белых, которые были поблизости, и сообщил им об этом. Те упрекнули его за то, что он не бросил в шахту хотя бы хлеба. Прибывшие затем белые извлекли трупы убитых.