Однако народная активность в защиту архипастыря не ослабевала По городу ежедневно разъезжала телега с надписью: «В тюрьму для епископа хлеб». Пищи набиралось такое количество, что владыка кормил чуть ли не всех заключенных. Кое-как усыпив бдительность народа, следившего за тюрьмой и железнодорожной станцией, большевики вывезли архиерея в Читу, а оттуда потом в Москву. В Москве обычно привезенных архиереев выпускали на некоторое время на свободу. Какое-то очень авторитетное лицо шепнуло владыке Евгению: «Вы будете на свободе, только не ходите к патриарху Тихону». ГПУ искало расколов и враждебных действий против патриарха. Но, конечно, владыка у патриарха тотчас был, и скоро был арестован и сослан в Соловки. Здесь он имел скорби и тревоги о своей пастве. Обновленческий епископ, некий Даниил, снова пытался захватить кафедральный собор, но безуспешно, зато свой же диакон Лонгин Греков после всенощной на св. Петра и Павла вывез вместе с чекистами все ценности собора, и в ту же ночь старый деревянный собор сгорел. Его никто и не тушил. Диакон в газетах объявил о снятии сана, призывая все духовенство следовать его примеру.
Владыка Евгений пробыл в Соловках три года (1924–1926), далее получил ссылку в Зырянский край также на три года. В 1929 г. получил освобождение с ограничениями, жил в Котельничах Вятской губернии, а затем управлял Пермской епархией. С какими перерывами или без перерывов это происходило, неизвестно, но в 1937 г., когда началось поголовное уничтожение всего епископата и на свободе на всю Россию не оставалось десяти епископов, владыка Евгений, уже митрополит Нижегородский, был арестован, и больше о нем никаких сведений нет и по сей день.
Богослужение его отличалось величием, покоем и благоговением; это чувствовали и отмечали, получая глубокое удовлетворение. Это был постник, невзирая ни на какие условия лагерной жизни, когда в пище не приходилось разбираться. Он был верен своему порядку и никогда не вкусил кусочка мясной пищи вообще, или рыбы в неположенное время. Казалось, что это человек нежного телосложения, но он носил самое грубое холщевое белье, которое и достать то в наше время было трудно. Высоко образованный вообще и богослов, компетентно рассуждавший по всякому теоретическому вопросу, он был житейски глубоко мудр, всегда тактичен и спокоен. Пастырям делал замечания наедине в самой мягкой форме, сомневающегося и неверующего провожал побежденным, скорбящего — ободренным. В нем была притягательная сила истинной духовной власти. Для остатка соловецких монахов-рабочих он являлся святейшим авторитетом, власть которого простиралась в область, которая недоступна пониманию людей внутренне недуховных. Заболел монах, которому большевистское соловецкое начальство, как неспособному к работе, предложило выехать на материк. Но на материке он также был бы никому не нужен, и там ему не было пристанища. Выяснив все это в разговоре с больным, владыка Евгений сказал ему, что ему лучше бы умереть в монастыре, как это задано по монашескому обету. Монах согласился: «Благословите и помолитесь». «Бог тебя благословит», — сказал владыка. И через несколько дней монах умер по молитвам своим и владыки. Необходимость этой смерти была Богу представлена и Им услышана.
Согласия двух было достаточно, чтобы получить просимое. Так монах не покинул своего монастыря.
Таков был глава и представитель соловецких узников в этот период.
С 1923 по 1926 г. в Соловецком лагере пребывали следующие архиереи:
Евгений Зернов, архиепископ Приамурский и Благовещенский.
Иларион Троицкий, архиепископ, б. Верейский, викарий Московский.
Серафим Мещеряков, архиепископ, б. Костромской.
Прокопий Титов, архиепископ Херсонский.
Иувеналий Масловский, архиепископ Курский.
Пахомий Кедров, архиепископ Черниговский.
Амвросий Полянский, епископ Подольский и Брацлавский.
Гавриил Абалымов, епископ Осташковский, викарий Тверской.
Глеб Покровский, епископ Михайловский, викарий Рязанский.
Григорий Козырев, епископ Печерский, викарий Нижегородский.
Захарий Лобов, епископ Нижне-Чирской, викарий Донской.
Игнатий Садковский, епископ Белевский, викарий Тульский.
Иоаким Благовидов, епископ Алатырский, викарий Симбирский.
Киприан Соловьев, епископ Семипалатинский, викарий Омский.
Мануил Лемишевский, епископ Лужский, викарий Петроградский.
Митрофан Гринев, епископ Аксайский, викарий Донской.
Нектарий Трезвинский, епископ Яранский, викарий Вятский.
Павел Введенский, епископ Сердобский, викарий Симбирский.
Платон Руднев, епископ Богородский, викарий Московский.
Рафаил Гумилев, епископ Александровский, викарий Ставропольский.
Софроний Сиарков, епископ Селенгинский, викарий Забайкальский.
Софроний Арефьев, епископ Якутский.
Серафим Протопопов, епископ Колпинский, викарий Петроградский.