К этой же категории морфологических исследований должны быть отнесены и некоторые работы относительно сравнительной анатомии скелета ныне живущих и вымерших животных. Наиболее замечательные результаты достигнуты в этом направлении по отношению к лошадям. Сравнение ныне живущих лошадей с разнородными вымершими формами привело к результату, что родоначальником настоящей лошади (рода Equus),
характеризующейся однопалыми конечностями, должна быть признана ископаемая форма Hipparion (из последнего периода третичной эпохи), имевшая трехпалые ноги с сильно развитым средним и не прикасавшимися к почве двумя боковыми пальцами. Гензель обратил (в 1860 г.) особенное внимание на эти факты и, при помощи уродливых уклонений ног лошади, пришел к убеждению, что они должны быть объяснены с точки зрения трансформизма. Несколько позже этот вопрос был разработан базельским профессором Рютимейером, одним из первых авторитетов в рассматриваемом направлении. Сравнивая молочную и постоянную зубную системы лошадей, он доказал, что молочные зубы нынешней лошади более, чем постоянные, приближаются к постоянным зубам среднеевропейской ископаемой лошади (из того же рода Equus), молочные зубы которой в свою очередь очень приближаются к зубам Hipparion. Таким образом получается связный ряд, средний член которого занимает ископаемая лошадь четвертичной эпохи. Ряд этот пополняется еще более родом Anchiterium, близким родичем Hippariori’a из более древнего периода третичной эпохи, боковые пальцы трехпалой ноги которого касались земли, вследствие чего конечность представляла наибольшее подобие с ногою носорога (из ныне живущих форм).Рядом с двумя указанными путями, по которым пошли морфологи-трансформисты, обозначился еще третий, по которому направились люди, особенно наклонные к крупным и всеобъемлющим обобщениям. В Германии, стране, столь известной своей философией, направление это нашло особенно богатую почву, и маленький городок Иена, уже бывший несколько десятков лет назад, во времена Окена, центром натурфилософской деятельности, сделался и теперь главным очагом новейшей натурфилософии благодаря профессору зоологии Геккелю. Бывший ученик Иоганна Мюллера — Геккель сначала работал в положительном направлении, обнаруживая не столько таланта и глубины мысли, сколько терпения и прилежания. В 1863 г. он напечатал свое первое большое сочинение о лучистых корненожках («Radiolarien»),
встретившее в ученом мире всеобщее сочувствие и сразу давшее его автору громкое имя в среде специалистов. В этом сочинении, к которому приложен атлас неподражаемых рисунков, было собрано громадное количество материала, большею частью нового. Но в числе последнего главное место заняли разнообразные, нередко весьма сложные, формы скелета; в деле же более существенных сторон организации Геккель не далеко ушел от своих предшественников, и всего менее результатов добыл он относительно истории развития отдела, который в последнее время получил столь важную роль в науке. Вслед за этой монографией Геккель издал еще ряд исследований из области самых низших организмов, исследований, снабженных, по обыкновению, мастерски выполненными рисунками.