Уже в сочинении о лучистых корненожках Геккель высказался в пользу трансформизма, но рядом с горячим сочувствием этому направлению он обнаружил столь необходимую в научном деле трезвость и осторожность. Впоследствии же, обращая чересчур серьезное внимание на нападки против Дарвина и трансформизма вообще, исходившие из лагеря отставших закоренелых специалистов, он принялся из всей силы бичевать их и мало-помалу развил в себе чересчур сильный парциальный дух и неизбежную при этом нетерпимость. Благодаря именно этим свойствам он приобрел себе большую популярность в Германии и получил огромное значение в качестве руководителя партии противников обскурантизма и клерикализма в этой стране; но, становясь популярным человеком, он все более и более делался популярным писателем, мало-помалу меняя научность на дилетантизм. Сделавшись безусловным поклонником дарвинизма, «апостолом» его, как некоторые называют, он отбросил строго научные приемы своего знаменитого старого учителя и не привил к себе неподражаемых высоких достоинств своего нового наставника в деле теории. В своей «Естественной истории мироздания» Геккель придал дарвинизму такой вид, в котором теория эта могла бы быть всего лучше понята не специалистами, тем более что он облек ее в форму натурфилософской системы, особенно приятную немцам. Желая придать ей законченность и цельность, он стал приводить самые смелые гипотезы, на ряду с научными истинами и, наконец, потерял представление об основном отличии между теми и другими. Убедившись в существовании генеалогической связи между различными организмами и в том, что эта связь может быть всего лучше изображена при помощи древовидной схемы, Геккель не удовольствовался этим; несмотря на всю неполноту научных данных, он захотел тотчас же изобразить картину естественного родства между всевозможными организмами, и, не одолев литературного материала и не проштудировав самостоятельно большого количества групп, он приступил к выполнению своей задачи. Очевидно, что при таких условиях не могло получиться научных результатов, и отсутствие положительных данных должно было повлиять на усиление гипотетической и фантастической сторон. Не удивительно поэтому, что мимоходом и притом очень осторожно высказанное Фр. Мюллером предположение о происхождении насекомых от Zoea (см. выше) тотчас же было подхвачено Геккелем и поставлено в основание самых произвольных толкований о «происхождении насекомых и сухопутных суставчатоногих вообще. «