Н. В. Тупикова, а позднее Л. И. Прилуцкая выделили в ареале домовых мышей, обитающих в СССР, четыре экологические зоны. Эти авторы рассматривали домовых мышей как единый вид, однако, согласно новым взглядам на систематику мышей, такое деление ареала справедливо лишь для синантропных форм. Первая зона — пустынные, полупустынные районы, где домовые мыши могут жить в природе круглый год. Но и здесь нередки случаи, когда даже летом они предпочитают склады, магазины или жилища человека, богатые кормом. Во второй — лесополевой зоне и в европейской части тайги домовые мыши в холодное время года спасаются от бескормицы и осадков в постройках человека, а теплое проводят на полях зерновых культур или в других не менее кормных местах. В третьей зоне — сибирской части тайги эти зверьки решаются покинуть постройки человека лишь в благоприятные по метеорологическим условиям годы, и, наконец, в четвертой — тундре, лесотундре и северной тайге они постоянно живут на иждивении людей, превращаясь в строго синантропную форму.
Домовые мыши, пожалуй, самые частые среди синантропных грызунов обитатели наших жилищ. В сельской местности они поселяются в домах и надворных постройках, в помещениях, где содержится живность, в зернохранилищах и т. д., в городе — в многоэтажных домах, проникая иногда на верхние этажи и чердаки, в продовольственных магазинах, на продуктовых складах, предприятиях пищевой промышленности и общественного питания. В городах первой зоны мыши поднимаются в горы до 3000—3800 м над уровнем моря, правда, на высоте более 1500—2000 м попадаются лишь единичные экземпляры.
Для этих крошечных грызунов почти нет преград на пути в жилище человека. Они проникают туда самыми различными способами, В многоэтажный жилой дом, например, пробираются через открытые мусорокамеры, отдушины в подвале, иногда по неровностям стен и вьющимся растениям забираются на балконы, лоджии, в окна. В квартиры мыши обычно попадают через плохо заделанные строителями технические отверстия, через вентиляционные ходы, если на них нет мелкой сетки. Известны случаи заноса мышей с продуктами, домашними вещами. Однажды в только что выстроенной гостинице семь верхних этажей неожиданно оказались заселенными этими грызунами. Зверьков привезли вместе с новой мебелью.
В природе синантропные и другие формы мышей встречаются в самых разнообразных местообитаниях. Часто, выселившись из домов и сараев, эти грызуны остаются в огородах, дворах, зарослях бурьяна. Они заселяют поля различных зерновых и бахчевых культур, лесополосы, залежи, неудобья, парки и лесопарки. В пустынной зоне их можно найти по берегам водоемов, в зарослях тростника, камыша и рогоза.
Мыши живут в природе и постройках человека группами или поодиночке. В помещениях территория особи обычно невелика — всего несколько квадратных метров. Участки зверьков изолированы друг от друга или перекрываются. Структура поселения домовых мышей изучена слабо. Трудно наблюдать за зверьками, жизнь которых проходит в сложной обстановке — среди множества различных предметов, где так легко спрятаться, да еще активны они бывают в основном в сумерки и ночью.
Количество мышей, обитающих в различных постройках, зависит от обилия имеющегося там корма. Где его мало, например в учреждениях, численность зверьков на 100 кв. м пола составляет от 1 до 10. Мышиные семьи образуют обычно отдельные поселения в местах с наибольшим количеством пищи — на складах, в бытовках. На продовольственных объектах численность может быть иногда очень высокой — до 80 зверьков на 100 кв. м пола. В таких местах участки отдельных семей накладываются один на другой.