Венский мир с венгерскими повстанцами и Турцией (1606 год) означал потерю всех прежних завоеваний и признание религиозной свободы в венгерской части монархии. Кроме того, к венгерским восставшим присоединились австрийские и даже моравские сословия. Эта австро-венгеро-моравская сословная конфедерация, возглавляемая Маттиасом, представляла собой уступку основным принципам габсбургской политики: использовать абсолютную власть монарха для борьбы против антикатолической оппозиции. Маттиас становится венгерским королем и, за исключением центральной части монархии, т. е. чешского королевства, поднимает всю империю против Рудольфа. Маттиас движется с войсками на Прагу.
Но тут (в 1608) происходит нечто почти невероятное. Чешские, силезские и лужицкие сословия встали на сторону Рудольфа.
Похоже, что чешские сословия приняли за оскорбление, что с ними никто предварительно не посоветовался: они считали себя важнейшим политическим звеном в габсбургской монархии. Сыграл здесь свою роль и тот факт, что к конфедерации присоединились также моравские сословия... Поэтому и не нашла отклика пламенная речь моравского земского гетмана Карела из Жеротина, приехавшего на заседание чешского сейма с целью призвать чешские сословия присоединиться к оппозиции против Рудольфа. Когда же Маттиас подошел с войсками к Праге, чехи сумели с оружием в руках постоять за своего короля...
Последующий либеньский мир стал, однако, для Рудольфа катастрофой. От его империи ему остались только земли королевства чешского без Моравии и императорский титул. Остальная часть габсбургской монархии перешла во власть Маттиаса как венгерского короля и признанного наследника императорского престола. Помимо того, Рудольф вынужден был подписать в 1609 году указ о свободе вероисповедания в Чешском королевстве, ставший вознаграждением чешским протестантским сословиям за их верность Рудольфу в его борьбе и раздоре с Маттиасом. Этот указ вошел в историю под названием "Грамота Его Величества Рудольфа".
Начиная с этой минуты, Рудольф думает только об отмщении -- отмщении брату - предателю и "неблагодарным" чешским протестантским сословиям, принудившим его издать грамоту. Он ищет и находит поддержку у своего двоюродного брата Леопольда, епископа из Пассау. Этот безответственный и авантюрный служитель церкви, мечтающий стать наследником императора, набирает войско из десяти тысяч человек самых различных национальностей под предлогом военной операции на территории монархии, где тогда разгорелся спор о наследстве после юлишско-клевского герцога. Однако, на самом деле войско вторгается в начале 1611 года в Чехию и с грабежами и насилиями движется к Праге, несмотря на протесты чешского сейма.
История вторжения наемников из Пассау общеизвестна. Напомним только, что пражане вначале не могли и предположить, что Леопольда с его разбойничающими наемниками пригласил страну сам Рудольф. Пассаусцам удалось занять только район Мала Страна, где начались многочисленные грабежи и убийства. Но вскоре им пришлось в спешке бежать, так как к Праге приближается со своим войском Маттиас, Происходит то, чего и можно было ожидать: Рудольф лишается чешской короны, и земский сейм провозглашает Маттиаса чешским королем.
После торжественной коронации в соборе св. Вита новый чешский король устраивает богатый прием, тогда как в южном крыле этого же града бродит, мучимый завистью, низложенный чешский король. Его владения ограничиваются теперь только Пражским Градом (Маттиас живет в Вене) и никому не нужным императорским титулом. Но мысли о мести не покидают Рудольфа... Правда, недолго. Не прошло и года, как в начале 1612 г., в возрасте неполных шестидесяти лет, он умирает от инфекционного легочного заболевания. Период Рудольфа II заканчивается.
Только ли сумасброд и меланхолик?
У Рудольфа были некоторые весьма примечательные свойства, о которых известно очень мало. Так, например, его образование было всесторонним. Он хорошо разбирался в изобразительном искусстве, и его коллекции отличались не только большим количеством экспонатов, но и качеством, В них проявлялся квалифицированный отбор, чем они значительно отличались от обычных в то время собраний предметов искусства. Несмотря на то, что Рудольф, естественно, не сумел да и не мог разорвать связывающие его путы тогдашних астрологических и алхимических предрассудков, тем не менее он глубоко интересовался наукой и научными открытиями. Под его покровительством в Праге в 1600 году возникает международный научный коллектив (чех Тадеуш Гайек из Гайека, датчанин Тихо де Браге, немец Ян Кеплер), который, несомненно, был первым в мире обществом такого рода. Кроме испанского и немецкого, Рудольф говорил на французском, итальянском, латинском и довольно неплохо -- на чешском языках.