На примере рассмотрения Немесием трудного вопроса о соединении души и тела видно, каким образом у него как у христианского мыслителя антропология становится органичной частью богословия. Он не приемлет идей о смешении, простом соединении или соприкосновении души и тела. Все это годится для объяснения соединения двух телесных субстанций, но не передает адекватно взаимоотношения телесного и бестелесного. Не удовлетворяет Немесия и платоновская концепция тела как одеяния души. Наиболее близки Немесию мысли по этому поводу Аммония Саккаса — учителя основоположника неоплатонизма Плотина. Не может быть никакой аналогии между соединением двух тел и соединением с телом нематериальной (ноэтической) субстанции. Последняя остается неслитной, невредимой и неизменной. Следовательно, душа соединяется с телом, но не смешивается с ним. Более того, она может отделяться от тела — например, во сне или во время созерцания. Душа обитает в теле, оставаясь с ним неслиянной, подобно тому как солнце пронизывает светом воздух, так что он становится светоносным, но свет при этом не смешивается с воздухом. Здесь, правда, нет полного тождества: солнце и воздух материальны, и луч солнца находится в определенном, ограниченном месте, душа же нематериальна и объемлет все тело целиком. Следующая аналогия связывает учение о душе (психо–логию) с христологией. Душа соединяется с телом так же, как Божественный Логос соединяется с человеческой природой — неслитно и не будучи объят ею. Аналогия эта, однако, тем более не точна. Душа делит с телом ощущения, сострадает ему, в то время как Слово Божие, соединяясь с телом и душой, не претерпевает абсолютно никаких изменений и не поддается их слабостям. Сообщая им Свою Божественность, Логос становится с ними единым, пребывая вместе с тем точно таким же, каков он был до Боговоплощения. Это в полной мере новый, ни к чему не сводимый вид единения, когда Божественная природа соединяется с человеческой несмешанно, неслитно и непревращенно; соединяется не в страстях, но только в действиях. Таким образом, способ соединения души и тела (бестелесного и телесного), несмотря на аналогии, отличается как от соединения телесных субстанций (солнце и воздух), так и от соединения нетварного и тварного (Божественный Логос и человеческая природа). Из этого можно сделать вывод, что и психология, будучи тесно связанной как с физикой, так и с теологией, является тем не менее, самостоятельной дисциплиной.
Связывает Немесий учение о душе и с физиологией, и анатомией. Он различает душу разумную (словесную) и неразумную (бессловесную). Первая ответственна за размышления, воспоминания и воображение, к ведению же второй относятся гнев и похоть, питание, размножение и т. п. Поэтому не вызывает удивления то, что большая часть книги «О природе человека» посвящена как раз физиологии, анатомии и тому, что сейчас принято называть экспериментальной психологией. Эти разделы свидетельствуют о внимательном изучении Немесием трудов Гиппократа и особенно Галена. Вообще епископ Эмесский выказывает значительную эрудицию, и его познания в биологии и медицине впечатляют, так же как и тонкий анализ отдельных психических способностей человека. Особо следует сказать о защите Немесием свободы воли человека. К первой трети V века проблема соотношения свободной воли и Божественного предопределения стала предметом острейшей дискуссии в Церкви на Западе. При этом свободу воли (едва ли не абсолютную) отстаивал Пелагий, чьи взгляды были осуждены Церковью как еретические, а жесткую концепцию предопределения выдвинул Августин. Воззрения Немесия ближе к учению Пелагия, хотя полного единства между ними нет. Ни Пелагий, ни пелагианские споры Немесием не упоминаются. Это служит аргументом для сторонников ранней датировки труда «О природе человека» (не позднее начала V в.). Но надо иметь ввиду, что хотя христианский Восток присоединился к осуждению Пелагия, августиновская доктрина предопределения, в своем логическом развитии отрицающая свободу воли, осталась чужда восточному христианству.