Перед битвой проводились сложные религиозные церемонии. Армия состояла преимущественно из подвластных народов, каждый из которых служил у своего повелителя и выполнял приказы на своем языке, хотя вначале была сформирована небольшая элита, состоявшая из чистокровных инков. Армии могли быть лишь слабо организованными, и основной тактикой, по-видимому, было подавление противника огромными силами, как у ацтеков. По оценкам исследователей, их численность составляла от 35 до 140 тыс. человек, иногда в поле одновременно находилось несколько армий. Большинство генералов были королевской крови инков, что заставляло правителей опасаться, что они могут бросить вызов их собственной власти. Для защиты от переворотов они увольняли слишком успешных генералов и пополняли элитные войска представителями якобы более лояльных этнических групп. В войнах за престолонаследие соперничающие сводные братья периодически претендовали на трон.
Империя инков была несколько опосредованной, однако существовала официальная административная иерархия, состоявшая из сапа-инки, его совета, состоявшего из членов королевской семьи и верховного жреца, затем правителей "четырех четвертей" империи, каждая из которых делилась на провинции, а затем на десятичную структуру местных управлений. Это государство могло собирать налоги, организовывать труд корвеев, проводить переписи населения, но неясно, насколько оно было единообразным, поскольку основная часть управления находилась в руках региональной и местной знати. Однако у них было серьезное коммуникационное преимущество: великолепная система дорог, покрывавшая длинный хребет империи. Они строились местным трудом корвеев, который наряду с военной службой был основной формой налогообложения. Две основные дороги проходили с севера на юг по территории империи, простиравшейся на пять нынешних стран Латинской Америки: одна - по побережью, другая - по высокогорью Анд. Общая протяженность дорог составляла около 40 000 км (современная французская система autoroute охватывает лишь 12 000 км). Ширина дорог составляла от одного до четырех метров, часто они были обнесены невысокими стенами. Некоторые участки представляли собой просто колею, другие были асфальтированы, на холмистой местности имелось множество мостов, дамб и ступенчатых участков. В отсутствие колесного транспорта ступени были удобны даже для перевозки грузов ламами и альпаками. В центральных регионах империи каменные террасы и гидротехнические сооружения повышали продуктивность сельского хозяйства. Качество сохранившихся дорог, террас и зданий вокруг Куско, построенных без цемента и железных инструментов, остается необыкновенным и сегодня.
Дороги отчасти компенсировали разрозненность политической структуры, обеспечивая быстрое перемещение дани, войск и информации. Круглосуточная система эстафет, каждая из которых пробегала 1,4 км, позволяла доставлять устное сообщение или "ципу" (цветные веревки, завязанные узлами, которые раскрывали информацию) со скоростью 240 км в день. Через каждые 30 км располагались постоялые дворы, продовольственные склады для войск, чтобы не приходилось жить за счет земли (и тем самым опустошать ее), а также сеть небольших крепостей. В некоторых регионах было найдено сравнительно немного каменных зданий в стиле инков, что говорит о существовании там непрямой империи. Тем не менее, в военной политике наметился сдвиг в сторону умиротворения, переселения непокорных народов, замены их на покорных и укрепления гарнизонами пограничных очагов. Тамара Брей считает, что инки использовали дороги "для подрыва ранее существовавших отношений обмена", пытаясь направить местную экономику в русло имперской модели, чтобы предотвратить местные союзы между другими народами, поощряя зависимость от государства инков. Инки вели меньше войн, чем ацтеки, монголы или римляне, после того как их империя была создана. Д'Альтрой утверждает, что в последние десятилетия существования империи угрозы исходили в основном от восстаний, а не от вторжений, о чем свидетельствует направление малых сил на периметр, а больших - на внутренние гарнизоны и армии умиротворения.