Второе крупное межконфессиональное противостояние произошло после поражения Саддама в 2003 году и распада Ирака. В качестве доминирующих региональных держав остались шиитский Иран и суннитская Саудовская Аравия, обе - крупные нефтяные державы. Их борьба обострилась после прихода к власти в обеих странах сторонников исламистского толка - аятолл в Иране и ваххабитов в Саудовской Аравии. И те, и другие имеют пропагандистские и образовательные сети, ориентированные на единоверцев за рубежом. В настоящее время они являются основными противниками в геополитико-идеологической борьбе , в которую все больше вовлекаются США и еще три страны - Бахрейн, Сирия и Йемен. Основным мотивом двух держав стало геополитическое превосходство в регионе. Однако в выборе союзников и клиентов явно преобладало сектантство. Ни один альянс между этими государствами не пересекал конфессиональных границ.
Протесты "арабской весны" в марте 2011 г. имели прямые межконфессиональные последствия в Бахрейне, где народное движение протеста, основанное в основном на угнетенном 60-процентном шиитском населении, было подавлено вооруженными силами суннитского правительства Бахрейна, в состав которых входили многочисленные иностранные наемники, а также тысяча саудовских и пятьсот солдат ОАЭ. Все эти силы были суннитскими. Затем режим разрушил около сорока шиитских мечетей, что стало явным жестом репрессий на религиозной почве. Это была короткая гражданская война между враждующими исламскими религиозными общинами, в которой суннитское правительство одержало победу над народным восстанием, в основном, хотя и не полностью, состоявшим из шиитов.
Более серьезные последствия имели события в Сирии, где мирные протесты "арабской весны" были встречены репрессиями со стороны президента Башара Асада. В результате протесты переросли в вооруженное восстание, направленное на его отстранение от власти. Основу его режима составляли шииты-алавиты. Сопротивление представляло собой смесь преимущественно суннитских группировок, в том числе вполне светских, таких как Свободная сирийская армия и курдско-арабские Сирийские демократические силы (SDF), а также джихадистов, таких как Фронт ан-Нусра и ИГИЛ. В этой войне произошло наибольшее пополнение рядов джихадистов, и они все больше доминируют в повстанческих силах. Самар Язбек приводит слова лидеров антиасадовского ополчения, с которыми она беседовала, об убийственных настроениях в отношении алавитов, которых они называли "вероотступниками". Ей с некоторым трудом удалось скрыть тот факт, что она алавитка. Хотя в основе конфликта между большинством алавитов и многими суннитами лежал конфликт, сама гражданская война усилила кровавую ненависть, усугубленную также притоком более десяти тысяч иностранных суннитов для борьбы с отступническим алавитским режимом.
Вражда между группировками значительно ослабила повстанцев, как и их слабое вооружение. Не имея зенитных орудий, они были беспомощны против бомбардировок с самолетов и вертолетов, сбрасывающих бочки со взрывчаткой. Саудовцы и Катар поставляли им простые вооружения вплоть до 2017 года. Шиитские Иран и "Хезболла" поддерживали Асада, чьи ВВС с 2015 года получали помощь от российских самолетов. С 2014 года светским повстанцам помогала международная коалиция во главе с США, но эта коалиция оказывала Асаду гораздо меньшую помощь, чем Россия. Кроме того, американцы сосредоточились на атаках на ИГИЛ, а не на Асаде. Турецкие сухопутные войска атаковали как силы Асада, так и ИГИЛ, но основное внимание они уделяли курдскому ополчению SDF, поскольку президент Эрдоган опасался курдских движений сопротивления внутри Турции. Израильские власти также атаковали силы Ирана и "Хезболлы". В условиях такой неразберихи шиитско-суннитская ось оказалась лишь одним из направлений конфликта. Используя хаос, режим Асада с помощью России и американского отвлечения смог выжить, став мнимым победителем в разрушенной стране. США и Саудовская Аравия оказались в проигрыше, но реальными проигравшими стали полмиллиона погибших сирийцев, а также осколки, оставшиеся в районах, разрушенных бомбардировками, целенаправленно направленными против мирного населения, и не менее 7 миллионов человек, бежавших в качестве беженцев за границу. Самым извращенным наследием этой интернационализированной гражданской войны стало создание сирийских наемных сил - молодых людей с военным опытом или без него, но без перспектив трудоустройства в Сирии, организованных турецкими военными, чтобы воевать за плату в Ливии и Нагорном Карабахе, - стратегия "милитаризма с переносом риска" для защиты ливийских и азербайджанских сил.