4 августа 1883 года он принимает монашество с именем Ириней и назначается ректором Киевской духовной семинарии с возведением в сан архимандрита, а также становится председателем Киевского епархиального училищного совета. Через пять лет в Киево-Печерской Лавре его хиротонисали во епископа Уманского, викария Киевской митрополии. С этого времени, главным образом, и начинается наиболее плодотворный, как духовного писателя и проповедника, период его жизни. Он редактирует журналы «Воскресное чтение» и «Руководство для сельских пастырей», где периодически появляются и собственные статьи владыки. В качестве приложения к «Руководству» издает «Библиографический листок», в котором публиковались сообщения о новых книгах и поступлениях. По инициативе владыки при Епархиальном училищном совете начинает издаваться журнал «Церковно-приходская школа».
Владыка Ириней занимается не только издательской деятельностью. Он ревностно следит за состоянием духовно-учебных заведений, вникая во все подробности их устава, порядка и общего содержания внутренней жизни. Дух церковности, общая молитва, пение – все становится предметом его пристальной заботы. Школа, считал владыка, – это родное дитя Церкви и ее первая помощница в деле учительства, а потому церковно-приходские школы, получившие развитие во время правления императора Александра III, стали любимым «духовным чадом» епископа. Большое внимание преосвященный Ириней обращал и на состояние богослужения, заповедуя готовить в стенах церковно-приходских школ чтецов и певцов для храмов.
Совершенно особая сторона попечений владыки – его забота о женском просвещении. Им было заведено много женских церковных школ, так как он понимал, какое большое значение в крестьянском быту имеет образование девочек – будущих матерей семейств.
Такая плодотворная деятельность епископа не могла остаться незамеченной: через два года его назначают епископом Чигиринским, викарием Киевской митрополии, еще через два года, в 1892 году, – епископом Могилевским и Мстиславским, с сохранением викарианства в Киевской митрополии; менее чем через год он становится епископом Тульским и Белевским, а в 1896 году – епископом Подольским и Брацлавским.
Во всех епархиях при обозрении приходов владыка Ириней обращал особое внимание на пастырскую деятельность священнослужителей, интересовался всеми сторонами их жизни, не исключая и материальных трудностей быта. Забота владыки направлялась на благоустроение приходов – как основу церковной жизни. Ему хотелось восстановить первоначальный, свойственный древнему христианскому благочестию дух жизни церковной общины, когда интересы прихода сосредотачивались бы вокруг храма, со всеми его нуждами, и церковной школы. Епископ Ириней много сделал для возрождения церковных братств и попечительств, был членом Комиссии по организации «Общества ревнителей Православия и благочестивой жизни», стремился поставить дело церковной благотворительности и миссионерства на прочную духовную и материальную основу. Во время пребывания владыки на Подольской и Брацлавской кафедре он преобразовал школу для псаломщиков при архиерейском доме во второклассную церковноприходскую с трехгодичным обучением и специальными курсами церковного устава и церковного пения. Вообще церковные хоры были особой радостью владыки, и при обозрении епархий он обращал особое внимание на церковное пение, возрождение древних распевов. Во время пребывания в Каменец-Подольске епископ создал Братскую школу с курсом церковного пения.
Все эти годы, несмотря на огромную занятость и просветительскую работу, владыка много пишет, переводит. Список его трудов насчитывает не один десяток наименований, среди которых «История Церковной истории», «Руководство к последовательному чтению пророческих книг Ветхого Завета» (в 1898 году удостоена Макарьевской премии), «Руководство к изучению Псалтири», перевод «Толковой Псалтири» Евфимия Зигабена с изъяснениями по святоотеческим толкованиям, перевод книги Ците «Земная жизнь Господа нашего Иисуса Христа», французского издания «Пастырские послания святого апостола Павла» и английской книжки для детей «Мученики Колизея»; к этому надо добавить и многочисленные отзывы и рецензии владыки на начавшие печататься тогда в России различные переводы книг западных протестантских и католических богословов, и, конечно же, собственные проповеди епископа.