Политическое положение Брауншвейга в то время было весьма сложным. Город хотел выйти из подчинения Брауншвейг-Люнебургского герцогства и стать свободным имперским городом – то есть подчиняться не местному герцогу, а непосредственно императору Священной Римской империи Германской нации. За это отделение шла упорная борьба, переходившая порой в военные действия. Одно из них имело место сразу по переезде Арндта в Брауншвейг, в 1600 году, когда войска герцога Генриха Юлиуса осадили город. В самом городе также складывалась достаточно напряжённая ситуация. Брауншвейг управлялся так наз. «партией патрициев» – то есть представителей аристократии и высших слоёв города. Одновременно горожане избрали (в 1602 году) городской совет, который этой партии противостоял. Иоганн Арндт вместе с большинством духовенства встал на сторону патрициев. Новоизбранный городской совет проявлял антицерковные настроения, и вообще, как писал Арндт в одном письме, состоял из представителей черни, неспособных к управлению.[19] В городе возникли серьёзные нестроения, приведшие к открытому противостоянию патрициев и городского совета, в результате которого победили первые. Зачинщики беспорядков были подвергнуты пыткам и в конце сентября – начале октября 1604 года казнены. Духовенство города одобрило этот шаг.
Некоторые современные исследователи ставят Арндту в вину то, что он, хотя не имел отношения к судебному процессу и вынесению судебного приговора, никак не высказался в защиту приговорённых к смерти и не проявил к ним сострадания.[20] Другие исследователи отмечают, что Арндт, во всяком случае, думал над нравственной оценкой происходящего, в отличие от противников осуждаемых и своих коллег по духовному цеху, которые такими вопросами и вовсе не интересовались.[21] Арндт писал: «Мне были представлены самые серьёзные доказательства, что требования черни – как бы их не оправдывать – были самым настоящим мятежом». И в другом месте: «действительно ли их (зачинщиков мятежа.
И именно среди всех этих треволнений Арндт пишет своё главное сочинение – «Об истинном христианстве». Несомненно, в написании этого произведения он находил для себя отдохновение и утешение. Первая книга «Истинного христианства» вышла к Пасхе 1605 года во Франкфурте-на-Майне.