В XVIII в. внимание физиков в основном было обращено на пять групп явлений: звук, теплота, свет, магнетизм и электричество. Методологическая установка элементаризма проявилась в форме поисков единой основы в каждой из указанных групп явлений. Физики не ограничивались попытками найти единую основу в каждой из групп явлений; периодически возникали концепции, пытающиеся свести все явления к какой-нибудь единственной основе.
Важным историческим примером успешного применения методологии элементаризма может служить история атомизма в науке Нового времени. Дальтон при объяснении законов химических реакций предположил, что все тела состоят из колоссального количества мельчайших частиц (атомов), которые соединяются между собой под влиянием силы притяжения. После того как атомистические представления были с успехом использованы для объяснения количественных соотношений, ответственных за состав химических соединений, атомистическая теория становится в химии, а затем и вообще в естествознании руководящим принципом.
Однако это не позволяет делать вывод об эвристической функции метафизического понимания материи. На самом деле эвристическую роль играло не метафизическое понимание материи, а две идеи, которые неявно связывались с ним: существование в каждом объекте специфических элементов (дискретность материи), вследствие чего объект понимался как единство элементов и структуры, и несовпадение сущности и явления, что требовало отыскивать единство в многообразии. Эти идеи не тождественны метафизическому пониманию материи (поскольку последнее утверждает существование абсолютного субстрата), которое в действительности играет антиэвристическую роль. Примерами этого может служить защита учения о невесомых, препятствовавшая открытию закона сохранения и превращения энергии, эфирные теории электромагнитного поля, тормозившие формирование теории относительности, и т. п. Философское понятие материи в Новое время являлось, с одной стороны, продолжением традиции прошлого, а с другой — обобщением тенденций развития естествознания того времени.
Первой своеобразной модификацией идей атомизма в Новое время можно считать развитую Декартом эфирную концепцию. По Декарту, основой вещей является не атом, а эфирный вихрь. Этот вихрь состоит из частиц разного размера, непрерывно заполняющих пространство, и обладает определенной формой, величиной, скоростью и моментом инерции. Материальная вещь представляет собой совокупность некоторого числа таких вихрей. По Декарту, вихри находятся в состоянии постоянного движения и изменения и соответственно изменениям вихрей изменяются вещи.
Ведущей концепцией материи в философии и науке начиная с XVIII в. становится вещественная концепция. В ней материя понимается как вещество, как совокупность физико-химических тел. Это вещество обладает определенным химическим составом, агрегатным состоянием, температурой, весом, зарядом и т. п. Тела состоят из «корпускул» (Гольбах), «гетерогенных молекул» (Дидро) и т. п., которые имеют такие общие свойства, как протяженность, делимость, твердость, тяжесть, инертность, подвижность. Вещественная концепция явилась продолжением и обобщением ранее существовавших атомистических представлений. Она в значительно большей степени, чем другие, опиралась на опытные данные. Однако узость круга опытных данных предопределила ее ограниченность, метафизичность.
В концепциях материи домарксова материализма в силу ограниченности опытных данных (использования главным образом данных из неорганической природы и игнорирования биологических и особенно социальных явлений) фактически произошло отождествление атрибутов (универсальных характеристик объектов) и модусов (неуниверсальных характеристик объектов). Возводя некоторые модусы, характеризующие определенные конкретные состояния материи, в ранг атрибутов, представители домарксовского материализма абсолютизировали их. Финалом такой абсолютизации явилось субстратное понимание материи, когда утверждается существование некоего фундаментального субстрата, «праматерии», «первоматерии», «материи как таковой», из которой якобы построены все объекты в мире. У Демокрита роль «праматерии» играли атомы, у Декарта — эфир, у Гольбаха — вещество как таковое (которое в свою очередь дифференцировано на элементы).