В числе важных причин усиления репрессивной политики по отношению к Православной Церкви в 1937–1939 гг. можно выделить введение равноправия всех граждан перед законом и последовавший вслед за этим бум участия православного духовенства в выборах в представительные органы советской власти, а также широкое распространение псевдоправославных сект антисоветской направленности. Смягчение антицерковной политики советской власти началось в 1939–1940 гг. с присоединением новых территорий в западной части СССР с богатой церковной жизнью и массовым распространением сект в местностях, лишенных православных приходов.
На Ставрополье и Тереке агрессивная антирелигиозная политика конца 1930-х гг. была направлена на отстаивание интересов местных органов власти. Антицерковные мероприятия теперь были выгодны как экономически, так и политически. Этот период отмечен, с одной стороны, общим спадом религиозности, а с другой, – широким распространением народных суеверий, нелегальных сектантских общин и проповедников. Это сопровождалось ростом посещаемости православных храмов независимо от юрисдикции, связанным с резким уменьшением их количества. В связи с ростом антисоветских форм сектантства в 1939–1941 гг. началось постепенное смягчение антирелигиозной политики советской власти в отношении Православной Церкви. Обновленцы Ставрополья и Терека к началу 1940-х гг. сохранили относительно сильные позиции только благодаря наличию храмов во всех административных центрах и религиозной малограмотности большинства верующих. В это же время намечалась тенденция расширения сотрудничества государственной власти с консервативной Патриаршей Церковью и постепенному отказу от поддержки конформистски настроенных течений.
В период немецко-фашистской оккупации Ставрополья, несмотря на объявленную свободу открытия храмов любой юрисдикции, обновленческие приходы практически не открывались, что говорит о настроениях верующих, а в г. Пятигорске их деятельность была запрещена как «большевистская». Многие обновленческие священнослужители скрывали свою юрисдикционную принадлежность, а некоторые шли и на прямое сотрудничество с оккупантами. Помимо многообразия юрисдикций, представленных в регионе, можно говорить и о расколе духовенства по вопросу сотрудничества с фашистами. Коллаборационисты были представлены священнослужителями всех разрешенных оккупантами юрисдикций, но, несмотря на это, не произошло формирования независимой профашистской юрисдикции. Большинство духовенства оставалось на старых конфессиональных позициях, нередко их скрывая. С партизанским подпольем были связаны священнослужители и миряне, принадлежавшие только к Патриаршей Церкви и обновленчеству. В населенных пунктах и местностях, оказавших серьезное сопротивление оккупантам, храмы не открывались.
После освобождения от фашистских захватчиков территории Ставрополья можно говорить о начале процессов церковного возрождения, связанных преимущественно с Патриаршей Церковью, а не просто религиозностью православного обряда. Государство было более заинтересовано в поддержке Церкви, имеющей многократно большее влияние на верующих, но не могло допустить дискредитации обновленчества, т. е. явления, возникшего на основе идеи полной поддержки советской власти.
Военные годы стали временем окончательного заката обновленчества на Ставрополье и Тереке. Причем это происходило не только в контексте общесоветского русла, но и со значительными местными особенностями. Обновленчество на Северном Кавказе, при слабой идеологической базе, до 1943–1944 гг. оставалось сильным как организация. Полный распад стал возможен только благодаря умелым действиям архиепископа Антония (Романовскому) по преодолению раскола и сдаче обновленческим митрополитом Василием Кожиным своих позиций. Одной из причин поворота верующих к Патриаршей Церкви стало совершение строго уставных богослужений без обновленческого литургического творчества, а также острая реакция ставропольского обновленческого духовенства на запрещение в служении всех обновленцев указом архиепископа Антония (Романовского), который в связи с юрисдикционными различиями не имел на это полномочий.
В Северной Осетии до 1944–1945 гг. пресекались попытки регистрации общин Патриаршей Церкви, которые после этого открывались только в местах компактного проживания славянского населения. В осетинских селениях православные приходы не открывались. Одной из причин сложившегося отношения республиканских органов государственной власти к юрисдикционной проблеме стал страх церковного возрождения на территориях компактного проживания осетинского населения, что могло нарушить основные принципы антирелигиозной политики советской власти в регионе.