Вместе с реформой системы уголовных и дисциплинарных наказаний соответствующие изменения вносятся и в Военно-судебный устав
. По этому поводу в январе 1862 года военным министром был направлен всеподданнейший доклад императору, в котором обосновывалась необходимость коренного преобразования военного судопроизводства. В нём, в частности, говорилось о том, что:1. В центральных местах расположения войск необходимо учредить постоянные суды;
2. Учредить при судах должности прокуроров для наблюдения за правильным в них производством и предварительной подготовки дел к слушаниям;
3. Предоставить судам полную самостоятельность, изъять их приговоры от влияния воинских начальников и
По мнению министерских чиновников, образование таких судов в частях при воинских начальниках должно было во многом способствовать повышению власти полкового командира в глазах подчинённых, и таким образом вся судебно-распорядительная власть сосредотачивалась в руках командиров частей и соединений, к которым должны были поступать все результаты дознания о преступлениях военнослужащих, и им одним,
5. Судебная реформа по военному ведомству могла быть совершена лишь на основе введения кассационного производства дел в военных судах.
6. Право предавать обвиняемых суду после реформирования должно сосредоточиться в руках всё тех же военных начальников.
7. От законной теории доказательств следует отказаться в пользу свободной их оценки и предоставления судьям права решать дела по внутреннему убеждению (что совсем не означало справедливого и законного решения по делу – авт.).
8. Устройство военных судов по округам является наиболее целесообразным. Судебные коллегии должны состоять из постоянных и временных членов: первые обязаны обеспечивать строгое следование законам, вторые – связь с армейским духом и поддержание дисциплины. И постоянные, и временные военные судьи должны совместно решать вопросы виновности или невиновности подсудимого в инкриминируемом ему преступлении и назначения ему справедливого наказания.
9. В отличие от судей гражданского ведомства, на военных судей не может распространяться принцип несменяемости.
10. Для кассационного производства, повсеместного утверждения нового порядка суда и обеспечения единства понимания законов в Санкт-Петербурге в военном ведомстве предлагается учредить Генеральный военный суд, а в морском ведомстве – Генеральный военно-морской суд (Военно-судебный Устав. Составитель Н. Мартынов. 4-е изд. Варшава, 1879).
15 мая 1867 года Александр II утвердил новый Военно-судебный устав, а вместе с ним – и новые структуру, устройство и компетенции военных судов. Теперь полковые суды назначались командирами полков в составе трёх офицеров: председателя – штаб-офицера и двух членов – обер-офицеров. Первый – сроком на один год, члены суда – на шесть месяцев.
Все избранные судьями должны были иметь стаж службы на строевых должностях не менее двух лет и не освобождались от выполнения своих прямых служебных обязанностей (ст. 15 Военно-судебного устава).
Новым судебным органам теперь были подсудны дела о преступлениях нижних чинов, за которые они по закону не подлежали отсылке в арестантские роты, а также по другим более тяжким преступлениям, предусматривающим исправительные наказания и упрощённый порядок рассмотрения и разрешения дел.