Их возбуждение могло назначаться командиром полка по рапортам ближайших начальников обвиняемых, жалобам частных лиц, а также по сообщениям мировых судей, полиции и других уполномоченных административных органов. Сами же заседания полковых судов, как правило, должны были проходить открыто, за исключением тех случаев, когда речь шла о проступках против семейных прав, об оскорблении женской чести и т. п. Такая же практика была предусмотрена и для гражданского судопроизводства.
В соответствии с существовавшим регламентом
Командир полка был обязан утвердить постановленный приговор полкового суда в трёхдневный срок, а по некоторым делам – «никак не позже следующего дня», и имел право изменить его (правда, только в пределах собственных дисциплинарных прав). После чего приговор вступал в законную силу, был окончательным и уже не мог быть обжалован, за исключением кассационной инстанции по заявлению лиц, участвующих в деле, или же по протесту военного прокурора.
Для военно-окружных судов верховной кассационной судебной инстанцией являлся Генеральный военный суд, осуществлявший «законосовещательные» функции. На его заседаниях обобщалась правоприменительная практика и в порядке кассации обсуждались решения низовых судов. Приговоры, постановленные Генеральным судом, были окончательными, не подлежали обжалованию и немедленно исполнялись, что, соответственно, и создавало существенные риски судебных ошибок, особенно при вынесении смертных приговоров.
Естественно, что Военно-судебный устав определял и подсудность дел: так как к компетенции военно-окружных судов относились дела о генералах, офицерах и гражданских чиновниках военного министерства, преступлениях нижних чинов, но только в том случае, когда полковой суд не имел достаточных полномочий применять более строгое наказание; о преступлениях против военной службы, а также когда преступное деяние было совершено совместно с гражданскими лицами или же если по делу заявлен гражданский иск на сумму свыше 100 рублей.
Командование и представители военной юстиции очевидно понимали, что некоторые судебные решения о наказаниях военнослужащих шпицрутенами на практике означали мучительную смерть или как минимум серьёзные увечья для чудом оставшихся в живых осуждённых.
Так, при подавлении восстания ополченцев в Инсаре в 1812 году каждый девятый из приговорённых военным судом умер в результате наказания шпицрутенами. Такая же участь постигла лидеров бунта Чугуевского и Таганрогского полков – 25 унтер-офицеров были запороты насмерть.
В 1844 году III Отделение Собственной Е.И.В. канцелярии, докладывая императору «Нравственно-политический отчёт за 1843 год», включило в него обстоятельный комментарий о следствии по делу и наказании фельдфебеля Лейб-гвардии Егерского полка М.Тищенко.