Пол было решено разобрать и под ним скрытно вырыть котлован, в который укладывалась привозившаяся мешками взрывчатка, а ночью в них же вывозилась вырытая земля. Также взрывчатка была заложена в ниши, выбранные по двум углам здания — выше цокольной части и в вентиляционные каналы, проходившие в стенах. Всего было уложено около трех тонн тола. Запальную шашку тщательно залили стеарином, чтобы предохранить от сырости капсюль-детонатор. Конец детонатора прикрепили к клемме радиоприбора «Ф-10», дублирующий комплект которого, настроенный на такую же волну, оставался в инженерном отделе ООР. Для надежности к радиоприбору подключили две стокилограммовые бомбы, которые завели под колонны в вестибюле. Вместе с радиоаппаратурой под полом установили и мины на неизвлекаемость — на случай, если вражеские саперы вздумают поднять в подвале плиты пола. После окончания работ плиты пола были установлены на место, а штукатуры и плотники устранили следы работ.
К маскировке минирования отнеслись очень тщательно: в углах подвального помещения были оставлены пыль и паутина, а на вновь уложенном полу были установлены обычные мины, которые должны были обнаружить румынские саперы при проверке здания перед размещением в нем румынского командования.
К выполнению работ была привлечена команда всего из шести саперов под руководством двух младших лейтенантов. Непосредственный надзор над работами осуществлял сам командир батальона. Также в курсе проводимой операции были командующий армией Петров и капитан госбезопасности Молодцов, направленный в Одессу для организации нелегальной работы под вымышленной фамилией Бадаев. Таким образом, круг людей, знавших о проведении операции, не превышал 10 человек. Даже мины, которые должны были обнаружить саперы противника, укладывал минер, не знавший об операции.
Однако для эффективного проведения операции одного минирования здания было недостаточно. Взорвать дом требовалось в тот момент, когда в нем будет находиться максимальное число офицеров противника. Для обеспечения этой части операции командующий Приморской армией генерал-майор Петров лично связал Хренова с Молодцовым. При встрече Хренов попросил Молодцова постараться добыть информацию о каком-либо крупном совещании командования противника или другом подобном скоплении офицеров в здании, и сообщить в штаб Приморской армии хотя бы за полдня до этого.
Помимо организации этой диверсионной акции, которая должна была стать основной в порту, на аэродроме, на перекрестках узловых дорог и на некоторых других объектах было оставлено еще несколько фугасов с часовыми механизмами, а на пути вероятного следования противника установлены минные поля и мины-сюрпризы.
Широко проводилось и минирование оборонительных участков, занимаемых частями Приморской армии. Для этого в каждом полку были созданы специальные отряды заграждения, задачей которых являлось
Помимо усиления минирования переднего края разворачивались минируемые заграждения на всю глубину обороны дивизий
В ночь с 15 на 16 октября, во время эвакуации частей Приморской армии саперы приступили к подрыву подготовленных объектов. В целом эффективность запланированных спецмероприятий оказалась высокой, и все прошло с минимальными отклонениями от намеченного плана, самым крупным из которых оказался преждевременный взрыв электростанции. В результате эвакуация проводилась в кромешной темноте, крупные портовые краны не работали, часть орудий удалось погрузить на транспорты только после предварительной разборки, много машин пришлось бросить в порту, столкнув с пирсов в воду, а график эвакуации оказался частично сорванным.
Румыны из-за большого количества установленных мин задержались со входом в город даже дольше, чем это предполагало советское командование. Во многом этому способствовал и взрыв дамбы Хаджибейского лимана, в результате которого большая часть Пересыпи оказалась затопленной. Румынам удалось вступить в город только во второй половине дня.
Перед этим, когда в Одессе не было ни советских войск, которые уже успели эвакуироваться, ни румынских, которые еще не успели войти, город бомбила авиация, принадлежность которой не установлена до сих пор. По одним версиям[452], это были самолеты противника, по другим, в том числе украинского исследователя Евгения Гуфа — самолеты были советскими.