Новые финансовые поступления и расширение денежных запасов Ватикана требовали уже иных методов управления, которые позволили бы избежать инспекции со стороны фашистских властей. Поэтому в 1942 году понтифик предпринимает реформу, создав на основе Администрации по делам религии Институт по делам религии
(ИДР), который приобрёл статус юридического лица и мог перемещать свои капиталы за границу. Неформально его стали называть Банком Ватикана. Этот Институт стал одной из самых засекреченных папских служб. Не будучи департаментом Римской курии или официальным учреждением Ватикана, он превратился в особую организацию без видимой связи с делами Церкви. Как писал исследователь Т.Ж. Рис, «ИДР – это банк папы, поскольку в определённом смысле он является его единственным и уникальным акционером. Он им обладает, он его контролирует»[128]. В силу этого банк не подвергался никаким аудиторским проверкам внутренних или внешних агентств, мог всегда легко переводить средства за рубеж, в любую точку планеты, что стало возможным для других европейских банков только в 90-е годы в связи с либерализацией перемещения капиталов. К тому же в том же 1942 году Ногара добился от Министерства финансов Италии существенных налоговых льгот, а ИДР вообще был свободен от уплаты налогов. Эти преимущества создавали возможности для различного рода махинаций и нарушений международных законов о финансовой деятельности. Во главе банка по рекомендации Ногары был поставлен кардинал Альберто ди Жорио.Что касается миссии Тейлора, то, поскольку он не мог постоянно присутствовать в Ватикане, интересы США представлял его постоянный помощник, сотрудник Посольства США в Риме Гарольд Титтманн,
который после вступления США в войну против Германии и Италии, продолжал пребывать в Риме уже при Св. Престоле, обеспечивая связь последнего с противником итальянского государства.С началом войны тесные контакты с Ватиканом приобрели для американского руководства ещё большее значение, так как ему важно было преодолеть сопротивление американских католиков, с неодобрением относившихся к коалиции с Советским Союзом. Но главная причина особого интереса Вашингтона заключалась в наличии у Ватикана уже упомянутой разветвлённой информационно-разведывательной сети, возможности которой создали условия для сотрудничества секретных служб обоих государств (это была одна из целей, которую преследовал Тейлор). На создание агентурной сети и передавались средства из фондов Рузвельта. Это сотрудничество особенно укрепилось после разгрома немцев под Сталинградом, но не в силу того, что у Ватикана ухудшились отношения со странами «оси», а, напротив, поскольку он рассчитывал на то, что американцы не допустят окончательного разгрома правящих режимов в Германии и Италии или, по крайней мере, спасут их ключевые кадры, в которых было крайне заинтересовано само руководство США.
Так что в этот период посредническая миссия Ватикана выходит на первый план.
Он был привлечён к тайным переговорам о сепаратном компромиссном мире, которые велись между представителями США, Англией и Германией в феврале 1943 года. Для этого в Ватикан в качестве эмиссара американских правящих кругов прибыл архиепископ Спеллман, назначенный главным капелланом американских экспедиционных сил. И пока в Швейцарии шли переговоры между американским представителем А. Даллесом и представителем Германии князем Гогенлоэ, архиепископ Спеллман совершал свою собственную миссию, которая продолжалась 6 месяцев. В ходе неё он посетил различные страны Европы, Северную и Южную Африку, Ближний Восток, Иран, и везде в переговорах его сопровождали американские дипломаты и военные. Главной задачей его было добиться выхода Италии из войны при сохранении фашистского режима, но с устранением наиболее скомпрометировавших себя политических фигур, и подписания сепаратного мира с Германией. Это, в частности, он обсуждал во время своей встречи в Анкаре с германским послом фон Папеном (напомним, тоже рыцарем Мальтийского ордена). Как писал нью-йоркский журнал