Ломбардия, отвоеванная Бонапартом у Австрии, была провозглашена Транспаданской (то есть расположенной за рекой По) республикой.
Между этими республиками начались переговоры о слиянии. 9 июля 1797 г. был принят торжественный акт об объединении Циспаданской и Транспаданской республик в единое государство, получившее название Цизальпинской республики.
Столицей Цизальпинской республики был провозглашен Милан. Население этой республики составляло 3,2 млн. человек.
Конституция Цизальпинской республики была скопирована с французской конституции III года. Законодательная власть в республике была вручена двум советам (Совету старейших и Большому совету), исполнительная власть — Директории из пяти членов.
Миланская директория выражала интересы либеральной буржуазии и либерального дворянства. Она провела ряд прогрессивных реформ, таких, как уничтожение привилегий дворянства, секуляризация церковных земель, введение гражданского равенства, свободы печати и т. д.
Однако власть этой Директории была призрачной. Фактически всеми делами в Милане вершил французский главнокомандующий, который диктовал свою волю и Директории и Законодательному корпусу. В январе 1798 г. Франция навязала Цизальпинской республике кабальный договор, по которому эта республика обязалась принимать участие во всех войнах Франции, выплачивать ей ежегодно 30 млн. франков и содержать на своей территории французскую оккупационную армию в 25 тыс. человек.
Цизальпинская республика — первая из созданных Францией на Апеннинском полуострове «дочерних республик» — была образцом зависимого, марионеточного по сути дела государства. Зависимость миланского буржуазного правительства от французских оккупантов компрометировала его в глазах народных масс, на плечи которых легла вся тяжесть оккупационных налогов.
Бонапарт ликвидировал независимость старой аристократической Генуэзской республики и придал ей новое государственное устройство. В мае 1797 г. в Генуе вспыхнуло восстание против Сената. Генуэзские власти подавили восстание. Тогда Бонапарт послал в Геную 12 тыс. своих солдат, которые беспрепятственно оккупировали ее. Старые патрицианские роды были отстранены от власти. Генуя была провозглашена Лигурийской республикой. 4 июня 1797 г. новая республика получила конституцию, продиктованную Бонапартом. Сенат был упразднен и заменен правительством, подобным французскому: Директорией и двумя советами. Генуэзская директория опиралась на либеральную буржуазию и буржуазную интеллигенцию. Однако власть ее была чисто формальной. В действительности Генуя стала французской провинцией.
В конце 1797 г. Бонапарт уехал из завоеванной им страны. Однако в Северной Италии осталась двадцатитысячная французская армия под командованием Бертье, «чтобы охранять свободу народов», как говорилось во французских бюллетенях.
Преемники Бонапарта еще более расширили сферу французского господства на полуострове.
В конце декабря 1797 г. в Риме вспыхнуло восстание против светской власти папы. Во время начавшейся борьбы от руки папского стражника пал французский генерал Дюфо. Убийство Дюфо дало Франции удобный повод для интервенции. 13 февраля 1798 г. армия Бертье вступила в Рим. Население Рима приветствовало ее. Папские войска сложили оружие. Папа Пий VI был лишен светской власти и увезен из страны (вскоре он умер). Рим был провозглашен республикой.
20 марта 1798 г. была принята конституция Римской республики, составленная по французскому образцу. Исполнительная власть в республике была вручена семи консулам, законодательная — Сенату и Трибунату. Все сословия бывшего Папского государства были уравнены в правах. Феодальные привилегии дворян были отменены. Началась распродажа церковных имуществ.
Вместе с тем французские оккупанты ограбили Рим. Рим выплатил Франции контрибуцию в 15 млн. франков, поставил армии Бертье 3 тыс. лошадей и полностью обеспечил ее продовольствием. Французская армия вела себя в «дочерней» республике, как в завоеванной стране. Солдаты и офицеры грабили храмы, дворцы, частные квартиры, насиловали женщин, убивали и т. д. Бесчинства французской военщины быстро ликвидировали симпатии римлян к республике-«матери». Уже в марте-апреле 1798 г. в Риме и его окрестностях начались восстания против французов.
В июле 1798 г. Бонапарт с армией в 30 тыс. человек высадился в Египте. 1 августа этого же года адмирал Нельсон уничтожил французский флот в бухте Абукир. Господство на Средиземном море перешло к англичанам. Бонапарт оказался запертым в Египте как в мышеловке.
Против Франции образовалась вторая коалиция с участием Англии, Австрии и России.
Все это придало смелости неаполитанскому королю Фердинанду IV и его супруге Марии-Каролине (сестре казненной якобинцами Марии-Антуанетты), которые давно уже мечтали свести счеты с французами. Неаполитанский король открыл свои порты Нельсону. В ноябре 1798 г. на Рим была двинута 40-тысячная неаполитанская армия под командованием австрийского генерала Мака.