Французская армия, которой командовал генерал Шампионнэ, была вынуждена отступить под натиском превосходящих сил неаполитанцев. 27 ноября 1798 г. неаполитанцы вступили в Рим. Население Рима, недовольное французскими оккупантами, приветствовало их. Однако все насилия солдат Бертье и Массена померкли перед тем чудовищным разгромом, который учинили в Риме неаполитанцы. Неаполитанская армия зверски расправилась с римскими республиканцами. Город был ограблен и частично сожжен.
Шампионнэ, собрав силы, перешел в контрнаступление. Неаполитанцы были разбиты. 9 декабря 1798 г. французские войска вновь заняли Рим и восстановили в нем республиканский строй. Вскоре Шампионнэ окончательно разгромил и рассеял неаполитанскую армию. В Неаполе начались республиканские демонстрации. Фердинанд IV и Мария-Каролина бежали из своей столицы на остров Сицилию, где их охранял английский флот.
20 января 1799 г. армия генерала Шампионнэ вступила в Неаполь. Неаполитанские лаццарони (босяки), которых духовенство подняло против «безбожников» — французов, были разбиты. Либеральная буржуазия и буржуазная интеллигенция Неаполя приветствовали французскую армию.
23 января 1799 г. бывшее Неаполитанское королевство было провозглашено Партенопейской республикой (Партенопея — древнее название Неаполя). Власть в республике перешла в руки либерально-буржуазного временного правительства, главную роль в котором играли Марио Погано (юрист) и Доменико Кирилло (ученый-ботаник). Через некоторое время Партенопейская республика получила конституцию, составленную, как и все остальные итальянские конституции того времени, по образцу французской конституции III года. Гимн Партенопейской республики создал известный неаполитанский композитор Доменико Чимароза.
Французское господство было тяжелым для Неаполя. Партенопейская республика выплатила своим «освободителям» в общей сложности около 80 млн. франков. Однако французские солдаты не творили в Неаполе таких бесчинств, как в Риме. К тому же в начале марта 1799 г. французская армия ушла из Неаполя на север Италии, куда вступили австрийцы и русские.
По сравнению с другими республиками-«дочерьми», созданными французами на территории Италии, Партенопейская республика являлась несколько более самостоятельной. В Неаполе были созданы национальная гвардия и регулярная республиканская армия. Духовенство и дворянство были уравнены в правах с другими сословиями. Королевское имущество было конфисковано и пущено в продажу. Однако для крестьянства, составлявшего подавляющее большинство населения бывшего Неаполитанского королевства, не было сделано ничего. Этой ошибкой буржуазных республиканцев искусно воспользовалась феодальная реакция.
Уже в январе-феврале 1799 г. в провинциях вспыхнули антифранцузские и антиреспубликанские вссстания. Организаторами этих восстаний были, как правило, реакционные священники, призывавшие крестьян идти на Неаполь «во имя веры». Кардинал Руффо, бежавший в свое время вместе с королем на Сицилию, высадился в Реджо и вскоре занял всю Калабрию. Крестьяне восстали в Кампании, Апулии и Абруццах. На протяжении всех пяти месяцев своего существования Партенопейская республика была вынуждена вести жестокую борьбу с феодальной реакцией.
В начале 1799 г. французские завоеватели уничтожили последние монархии, еще сохранявшиеся на итальянской земле.
В 1797–1798 гг. на территории Пьемонта произошел ряд республиканских восстаний. Все они были жестоко подавлены новым королем Пьемонта Карлом-Эммануилом IV (Виктор-Амедей III умер в 1796 г.). В июне 1798 г. Турин был занят французскими войсками. В декабре этого же года французское командование принудило Карла-Эммануила IV отречься от престола и уехать из страны. В Турине было образовано либерально-буржуазное временное правительство, которое отменило феодальные привилегии дворянства и провело некоторые другие реформы. Вместе с тем Пьемонт вынужден был выплатить Франции 10 млн. франков контрибуции. В феврале 1799 г. Пьемонт был присоединен к Франции.
Под властью Савойской династии осталась лишь Сардиния.
В марте 1799 г. французы изгнали великого герцога Тосканского и захватили его страну в свои руки.
Тем самым было завершено французское завоевание Италии.
Однако французское господство в Италии покоилось на шатких основаниях.
Грабежи и насилия французов заставили разочароваться в них даже буржуазных республиканцев, которые, собственно, являлись их единственной опорой в стране.
События 1796–1797 гг. способствовали росту национального самосознания у передовых слоев итальянского общества. Среди буржуазии и буржуазной интеллигенции большую популярность приобрел лозунг создания единой итальянской республики.
В октябре 1796 г. «генеральное управление Ломбардии» объявило конкурс на лучшее сочинение на тему: «Какая из форм свободного правления более всего подходит для Италии?». На конкурс были представлены 52 работы. Премия была присуждена священнику Мельхиору Джойя, который высказывался за основание в Италии единой и неделимой республики, свободной от всякой зависимости от заграницы.