4 июня Генуя сдалась Меласу. Однако к этому времени Бонапарт отрезал все пути отхода австрийцев на юг и восток. Пренебрежение Бонапарта к австрийцам было так велико, что он, оставив у себя лишь около 16 тыс. человек, рискнул атаковать с ними 30-тысячную армию Меласа у Маренго (14 июня 1800 г.) Австрийцы отбросили французов и стали их преследовать. Однако неожиданно вернувшаяся к месту боя дивизия генерала Дезе (которую Бонапарт накануне направил к югу) ударила во фланг австрийцам и обратила поражение французских войск в победу. Части, находившиеся под командованием Бонапарта, оправились и перешли в контрнаступление. Австрийцы были разбиты.
Победа при Маренго вновь сделала Бонапарта господином положения в Северной Италии. 15 июня Мелас подписал с Бонапартом соглашение о перемирии, по которому военные действия приостанавливались на 5 месяцев, а австрийцы очищали Италию до реки Минчио.
Цизальпинская и Лигурийская республики были восстановлены. Однако управление ими было вручено французским генералам. На обе республики было наложено обязательство содержать находившиеся на их территории французские армии.
В конце 1800 г. австрийцы возобновили военные действия на границах Ломбардии, но были быстро разбиты французскими войсками, которыми командовал генерал Брюн. 15-тысячная неаполитанская армия, которая шла на помощь австрийцам, была разбита французами у Сиены. Мюрат совершил легкую военную прогулку до самого Неаполя.
В феврале 1801 г. Австрия заключила так называемый Люневильский мир с Французской республикой, по которому были подтверждены условия Кампоформийского мира.
Бонапарт вновь перекроил карту Италии. Парма и Пьяченца были взяты им под свое непосредственное управление. Тоскана была превращена в вассальное королевство Этрурию и отдана сыну герцога Пармского, женатому на испанской принцессе. В Этрурии были размещены сильные французские гарнизоны.
Бонапарт отказался от восстановления республик в Риме и Неаполе. Он признал светскую власть папы Пия VII и установил для его государства границы, которые оно имело в 1797 г. (то есть без Романьи и легатств). С неаполитанским королем Фердинандом IV Бонапарт заключил в марте 1801 г. так называемый Флорентийский мир, по которому обязал его освободить всех томившихся в неаполитанских тюрьмах политзаключенных и допустить французские гарнизоны в Отранто, Тарент и Бриндизи.
В декабре 1801 г. Бонапарт собрал в Лионе (Франция) цизальпинских нотаблей. Это собрание, известное под названием Лионской чрезвычайной консульты, преобразовало Цизальпинскую республику в Итальянскую республику и приняло для нее конституцию, скопированную с французской конституции VIII года.
Законодательная власть по этой конституции была вручена четырем палатам (Консульта, Цензура, Совет и Законодательный корпус), являвшимися совершенно бессильными. Главой исполнительной власти был сделан президент, избираемый на 10 лет и наделенный большими полномочиями. Президентом Итальянской республики Бонапарт заставил избрать самого себя. На пост вице-президента был назначен крупный итальянский землевладелец герцог Мельци. Было также сформировано правительство Итальянской республики, составленное из итальянцев (буржуа и дворян). В Итальянской республике была создана своя армия, которая принимала участие во всех войнах Наполеона. В важнейших центрах республики были размещены французские гарнизоны.
Летом 1802 г. Бонапарт создал видимость национального управления также и в Лигурийской республике. В Генуе был восстановлен Сенат, составленный из сторонников Бонапарта. Высшая исполнительная власть в стране была вручена дожу, которого назначал лично первый консул.
«Национальные правительства» в Милане и Генуе являлись марионеточными, целиком зависимыми от Бонапарта. Фактически вся власть в этих государствах, как и во всей Италии, была в руках французского военного командования.
Бонапарт не допустил ни восстановления Савойской династии в Пьемонте, ни его присоединения к Итальянской республике. В сентябре 1802 г. Пьемонт был включен в состав Франции и разделен на департаменты, управлявшиеся префектами, назначаемыми в Париже.
Наполеон был смертельным врагом единства и независимости Италии. Он всегда рассматривал эту страну как полуколонию Франции и важный для себя военно-стратегический плацдарм.
В мае 1804 г. французская республика была превращена в империю. Генерал Бонапарт принял титул императора французов под именем Наполеона I. В соответствии с этим были ликвидированы последние итальянские республики.