Сообщив Филби о полученном письме, Мензис попросил Кима подать в отставку. Вскоре после отставки Мензис вновь пригласил Филби к себе и сказал, что начато официальное юридическое расследование обстоятельств побега Маклина и Берджесса, которое поручено возглавить королевскому советнику Мильмо, работавшему во время войны следователем в контрразведке. В послевоенные годы МИ-5 привлекало Мильмо только в особо важных случаях. Первый же допрос Кима Филби Мильмо повел напористо, задавал вопросы в безапелляционной форме. Невооруженным взглядом просматривался обвинительный уклон и попытка уличить его в работе на советскую разведку. Филби оценил обстановку, отвечал предельно лаконично, чтобы не дать возможности следователю запутать его на возможных противоречиях. Ничего не добившись, дальнейшие допросы Мильмо поручил продолжить опытному следователю МИ-5 Скардону. Однако все его попытки «разговорить» Филби успеха не имели. Дело кончилось тем, что Кима Филби оставили в покое с небольшим выходным пособием.
А в это время Центр и лондонская резидентура задействовали все возможности, чтобы выяснить судьбу Филби и оказать ему необходимую помощь. В результате проведения комплекса оперативных мероприятий удалось установить, что Ким выдержал натиск контрразведки, но продолжает находиться под плотным наблюдением. Резидентура все же смогла конспиративно передать Киму деньги через связного, так как выходное пособие порядком истощилось и он был без работы.
Твердо отрицая причастность к делу Маклина-Берджесса и тем более к советской разведке, искусно строя защиту, Ким Филби ждал, когда его противники допустят просчет или ошибку, чтобы перейти от обороны к наступлению.
Не добившись от Филби признаний, МИ-5 инспирировала не только травлю его в «желтой» прессе, но и запрос члена парламента Липтона премьер-министру о роли Филби в деле Маклина-Берджесса. Филби решил воспользоваться этой возможностью, чтобы перейти от обороны к наступлению, и сумел добиться того, что в 1955 году министр иностранных дел Великобритании Гарольд Макмиллан во время дебатов в парламенте вынужден был публично снять все обвинения с Филби. Английским властям трудно было поверить, что талантливый разведчик Филби, награжденный за особые заслуги орденом Британской империи, — шпион.
Добившись снятия обвинений, Ким Филби вскоре при помощи своих старых друзей, и прежде всего Николаса Элиотта и Джорджа Янга, продолжавших работать в СИС и заинтересованных в полной реабилитации Кима, а также и всей их службы, выехал в Ливан в качестве внештатного сотрудника разведки под прикрытием корреспондента английских газеты «Обсервер» и журнала «Экономист» на Ближнем Востоке. Несмотря на то что контрразведка продолжала подозревать Кима Филби, он, проявляя свои бойцовские качества, вновь активно включился в борьбу с происками американских и английских спецслужб против СССР с территории государств этого региона. От него в Центр стала поступать важная политическая и оперативная информация о работавших в этом регионе сотрудниках ЦРУ и СИС, их вербовочных устремлениях. Складывалось впечатление, что Ким пытается наверстать упущенное время. Но советская разведка, зная о подозрениях МИ-5, принимала особые меры по обеспечению личной безопасности Филби.
Январским вечером 1963 года на квартиру Филби в Бейруте позвонила секретарша резидентуры СИС и попросила его приехать в посольство. Ким в это время болел: у него обострился бронхит, и поэтому договорились, что, как только он поправится, позвонит ей сам. Спустя несколько дней Ким позвонил секретарше и сказал, что готов прибыть в посольство. В ответ он получил приглашение посетить ее на квартире.