На счету афганских органов безопасности того времени было немало успешно проведенных операций разведывательного и контрразведывателыюго характера, а также военно-диверсионных мероприятий. Противники режима были вынуждены с ними считаться. ХАД-СГИ-МГБ сумели создать обширный и работоспособный агентурный аппарат, в том числе в «исламских партиях» и боевых отрядах моджахедов, воевавших с кабульским правительством. В контакте с советниками КГБ Наджибулла лично занимался планированием и реализацией специальных операций, контролировал их ход и результаты. Сведения, добытые Службой, учитывались командованием Ограниченного контингента советских войск (ОКСВ) и афганской армии. Важным направлением деятельности Наджибуллы в тот период была его непосредственная работа с вождями многих пуштунских племен, обстановку и расстановку сил в зоне племен он знал хорошо и, можно сказать, детально. Участие органов безопасности в осуществлении политики национального примирения (ПНП) он считал обязательным и приоритетным. Много внимания он уделял формированию и подготовке боеспособной национальной гвардии, отрядов спецназа, службы охраны, лично занимался налаживанием политико-воспитательной работы в органах безопасности. Он сам и органы безопасности под его руководством немало сделали в борьбе с детской беспризорностью, оказывали реальную помощь подшефным детским домам.
Негативно настроенные к Наджибулле СМИ западных стран не раз пытались изобразить его жестоким тираном, даже называли его «палачом» из-за его работы в системе органов безопасности. Это не так. Деятельность афганских органов безопасности под его руководством даже близко нельзя поставить с тем массовым, кровавым и бессмысленным террором, который царил в стране при Тараки и особенно при X. Амине и осуществлялся их спецслужбами.
По своему характеру и личностным данным Наджибулла вовсе не отличался беспощадностью, хотя в нужные минуты мог проявить твердость, а иной раз и жестокость. Он был сыном своего народа, и как афганцу ему, несомненно, были свойственны и хитрость, и коварство, и лукавство. Но факт остается фактом: при нем гуманные дела и терпимость явно преобладали в работе ХАД-СГИ-МГБ над их карательными и репрессивными функциями. Нельзя не учитывать и афганские, в частности пуштунские, обычаи, традиции, устойчивые мерки, которыми они привыкли мерить людей. Они уверены, что начальник должен быть властным, твердым и авторитетным, а при необходимости — решительным и даже жестоким, иначе он не начальник. Если он многословен, если он не приказывает, а уговаривает, а еще хуже — упрашивает, то такой человек не может быть руководителем, не может заслуживать доверия, его будут считать слабым и никчемным начальником. Наджибулла, конечно, учитывал эти особенности афганцев, однако, как правило, не повышал голоса, распоряжения его были краткими и ясными. В глазах и его сторонников, и его противников Наджибулла был сильной личностью, с ним считались, его побаивались. Иметь дело с ним соглашались даже непримиримые противники кабульского режима. Известный полевой командир Ахмад Шах Масуд даже предлагал ему свою помощь, чтобы он не попал в руки наступавших в 1996 году на Кабул талибов. Важно отметить при характеристике Наджибуллы как руководителя тот факт, что он, несмотря на свою принадлежность к «парчамистскому» крылу НДПА, сумел остаться вне фракционной борьбы и внутрипартийных распрей. Пожалуй, он был одним из очень немногих «парчамистов», которого функционеры «халькистов», занимавшие руководящие посты в армии, МВД, других ведомствах, признавали и с которым были готовы сотрудничать.
Став в свои 32 года во главе органов безопасности, Наджибулла за пять лет, что он проработал на этом посту, приобрел большой опыт государственной, политической и хозяйственной деятельности. Ему приходилось вникать в самые разные проблемы: от организации дела на объектах энергетики, где было много саботажников, налаживания партийной работы на территориях, занятых моджахедами, до распределения спичек и муки, поступавших в качестве гуманитарной помощи. После его вынужденного ухода с политической сцены население страны не раз требовало его возвращения к власти, помня, что при нем наступили некоторая стабилизация положения и оживление экономической жизни, порядок преобладал над хаосом.