После этого функции князя в судебной области были еще больше ограничены. Если прежде в его ведении были все судебные дела, то в конце XIII столетия организуются торговый суд, находившийся в распоряжении тысяцкого (новгородского боярина) и епископский суд, в ведении которого оказался, в частности, большой массив населения, жившего на принадлежавших церковным институтам землях.
Последнее обстоятельство послужило поводом к еще одной существенной реорганизации. С конца XIII столетия в Новгороде наблюдается массовое монастырское строительство. Богатые боярские семьи основывали монастыри, становились их ктиторами и вкладывали в них значительные богатства, в первую очередь – земельные участки. Однако, поскольку вся система этих земельных владений становилась под контроль архиепископа как главы церкви, бояре хорошо осознали, что дальнейший процесс расширения монастырских владений способен превратить архиепископа из духовного пастыря в реального главу государства: «в чьих руках богатство, тому принадлежит и власть». Поэтому была проведена реформа, результатом которой стало учреждение должности архимандрита – главы всего новгородского черного духовенства.
Архимандрит, получивший в качестве резиденции Юрьев монастырь в 3 км от Новгорода, возглавлял игуменов главных монастырей пяти административных районов (концов) Новгорода. В церковных, канонических делах архимандрит, естественно, был подчинен архиепископу, но он не назначался архиепископом, а избирался на боярском вече подобно посадникам и другим должностным лицам государства и был подотчетен в своей экономической деятельности не архиепископу, а боярской власти. Иными словами, полный контроль над светской деятельностью архимандрита осуществляла корпорация бояр, которая могла сместить его, если он оказывался неугодным или неудобным. Боярские группировки активно пользовались этим правом.
В последней трети XIII в. в государственном устройстве Новгорода происходят важные перемены. Боярство, пытаясь смягчить соперничество в борьбе за обладание высшими государственными должностями, организовало орган, в котором были представлены интересы всех территориальных группировок. Особую административную систему получила купеческая организация во главе с тысяцким, который также избирался на определенный срок.
В самом начале 90-х гг. XIII столетия была осуществлена важнейшая реформа республиканского управления, сутью которой стали ежегодные выборы главы государства – посадника, главы купечества и свободного ремесленного населения – тысяцкого и главы черного духовенства – архимандрита. Лучшую форму контроля за деятельностью высших государственных руководителей трудно отыскать. С этими новыми формами государственного устройства Новгород вошел в XIV столетие.
Рубеж веков оказался заметной вехой в истории Руси, прежде всего, Новгорода во многих отношениях. Среди прочего особенно следует подчеркнуть роль Новгорода в укреплении русской экономики. Избежав военного разорения со стороны Золотой Орды и отбив агрессию шведов и немецких рыцарских орденов на своих западных рубежах, Новгород остался единственным регионом, в который в обмен на продукты сельского хозяйства, охоты, рыболовства и пчеловодства в значительных количествах из Западной Европы поступало серебро. В серебре нуждалась вся Русь как для собственных нужд, так и для постоянной выплаты дани Золотой Орде. Реэкспорт серебра из Новгорода в Тверь, Москву, Суздаль и другие города центральной Руси не только укреплял экономику Новгорода, но и будил агрессивные вожделения его соседей, провоцируя перманентные военные конфликты с Тверью, а потом с Москвой.
Между прочим, постоянный приток в Новгород западноевропейского серебра именно на рубеже XIII и XIV столетий привел к возникновению новой денежной единицы – рубля, который и сегодня остается основой русской денежной системы.
Весьма необычной была сложившаяся в XIII–XIV столетиях система защиты государственных границ Новгородской земли. Некоторые окраинные ее территории находились в двойном управлении соперничающих сторон. Так, обширная область Торжка, расположенная у юго-восточных рубежей Новгорода, была совместным владением новгородских и великокняжеских властей. В таком же положении находился анклав Новгорода Волоколамск, окруженный со всех сторон землями московских князей. Попытки отобрать Торжок у Новгорода активно предпринимались Тверью в начале XIV столетия и в 1370-х гг., но были отбиты новгородцами.